《羅馬規約》第20條規定了國際刑事法院應當適用的一事不再理原則，其對國際刑事法院與國內法院之間的上行效力與下行效力的規定與前南法庭和盧旺達法庭規約存在較大差別。造成這些差別的主要原因在於第17條規定的補充性管轄原則。
（一）國際刑事法院的補充管轄權
根據《羅馬規約》第17條第1款的規定，對案件有管轄權的國家已經對該案進行調查或者起訴，或者已經對有關的人（在國際刑事法院）受到指控的行為進行了審判，則國際刑事法院應斷定案件不予受理。這一規定是對國家主權原則的妥協性突破。基於國家主權原則，國家有權對在其領土上所犯的罪行行使管轄權，這項權利是主權國家所固有的，主權國家很少放棄。即便其國民所犯的罪行影響了國際社會的利益，國家也常常不願意讓其國民受國際司法機關的審判，而願意排他性地行使管轄權。但是，為了更有效地懲治國際犯罪，需要建立一個國際刑事法院，在一定程度上代替國內法院行使部分案件的管轄權。如果國際刑事法院淩駕於國內法院之上，或者說賦予國際刑事法院優先管轄權，則勢必會因為有損國家主權而被大多數國家所拒絕。為爭取更多的主權國家加入國際刑事法院，《羅馬規約》采納了“補充性”管轄的建議，保留了國內法院的“優先管轄權”，規定隻有主權國家在不能或者不願意行使管轄權的情況下，國際刑事法院才可以對案件予以受理和審判。這說明，“國際刑事法院是為了在國家司法係統不能使用或無效能時補充國內刑事司法製度。”[1]
（二）補充管轄權下的一事不再理原則
在補充管轄原則的基礎上，《羅馬規約》第20條對一事不再理原則分為三款加以規定：第1款對國際刑事法院自身適用的一事不再理原則進行了規定，“除本公約規定的情況外，本法院不得就本法院已經據以判定某人有罪或無罪的行為審判該人。”第2款是國際刑事法院對國內法院的下行效力進行了規定，即對於規約第5條所述的犯罪，“已經被本法院判定有罪或無罪的人，不得因該犯罪再由另一法院審判。”第3款對國內法院對國際刑事法院的上行效力進行了規定，即對於規約第6、7、8條所列的行為，“已經由另一法院審判的人，不得因同一行為受本法院審判，除非該另一法院的訴訟程序有下列情形之一：1.是為了包庇有關的人，使其免負本法院管轄權內的犯罪的刑事責任；或2.沒有依照國際法承認的正當程序原則，以獨立或公正的方式進行，而且根據實際情況，采用的方式不符合將有關的人繩之以法的目的。”