《羅馬規約》第68條第3款對被害人的程序參與權進行了規定，即國際刑事法院應當“準許被害人在其個人利益受到影響時，在本法院認為適當的訴訟階段提出其意見和關注供審議”，但是對於被害人如何行使這項權利，行使這項權利的階段和方式如何等問題，《羅馬規約》缺乏進一步規定。《程序和證據規定》第89～93條對被害人如何申請參與程序、如何選擇法律代理人以及被害人和法律代理人的訴訟權利進行了補充規定。
（一）被害人申請參與訴訟程序
《羅馬規約》賦予被害人的程序參與權，必須由被害人向法庭提出申請並且獲得法庭許可之後才能行使。這與被告人自動享有《羅馬規約》賦予的包括無罪推定、辯護權、公平審判權等諸項權利有很大不同。根據《程序和證據規則》第89條的規定，被害人為了向法庭提出自己的意見和關注，需要向書記官長提交書麵申請，由書記官長轉交有關分庭。同時，書記官長也應向檢察官和辯護方提供申請書的副本，控辯雙方有權在分庭規定的時間內就被害人參與程序問題作出回應。預審分庭在聽取控辯雙方意見的基礎上作出申請人是否是被害人、能否參與訴訟的決定：對於允許被害人參與訴訟的，應具體規定其認為適宜參與的訴訟程序和應采取的參與方式，包括在訴訟開始和結束時作出陳述；對於分庭認為該人不是被害人，或不符合第68條第3款所規定的標準的，可以依職權或根據檢察官或辯護方的申請駁回申請。申請被駁回的被害人，可以在其後的訴訟程序中重新提出申請。
為便於被害人提出申請，國際刑事法院專門製作了被害人要求參與訴訟程序的申請表，分別適用於個人被害人和團體被害人兩類。以個人申請表為例，被害人需詳細填寫自己的姓名、出生年月、民族或者種族、職業、住址以及身份證明，身份證明既可以是某一國家的身份證，也可以是出生證明、選舉卡、護照、駕照、學生或員工卡、地方政府的證明信、難民營登記卡、慈善組織的登記卡、稅收文件或者其他能夠證明身份的文件。除了上述個人信息之外，申請人還需要填寫受犯罪行為侵害的情況以及時間、地點和行為人，以及因犯罪行為所遭受的損失，是否願意參加訴訟以及參加訴訟的原因，是否提出賠償要求以及希望獲得什麽賠償，是否有法律代理人，是否希望基於安全、尊嚴和隱私的考慮要求法院不向被告人和檢察官披露被害人的身份，等等。這些內容的填寫有助於法庭審查、確認申請人是否具有被害人身份，以何種方式參加訴訟更為適宜等問題。