在宗教問題上，盧梭從他的自然哲學出發，提出了一個以自然情感和理性為核心的自然神學。
盧梭出生在一個新教的家庭，但在流浪生涯中又曾因生計問題而隨意改宗了天主教。隨著年齡的增長和心智的成熟，盧梭開始思考真正的宗教和信仰問題。在當時，啟蒙運動的哲學家大都堅持唯物主義的觀點，反對宗教神學，宣揚無神論思想，但作為啟蒙運動的重要一員的盧梭，卻公開宣布自己是有神論者，並在《愛彌兒》中，借薩瓦省一位牧師之口，闡述了自己的自然神學觀。他把物質和運動割裂開來，認為隻有某種外在力量才能引起運動，而這個推動宇宙、構造世界、給萬物以生命和運動的最高主宰，就是上帝。盧梭反對以宗教迷信和狂熱為特征的傳統天啟宗教，主張“自然宗教”。他說：“我常常以自己的方式來理解宗教，但我從來沒有完全離開宗教。”②在《致畢蒙主教書》中，盧梭明確地表達了自己的信仰：“我是個天主教徒，一個誠摯的教徒，遵從聖經福音的信條。我是個教徒，但並不是牧師的信徒，而是耶穌基督的信徒。我所堅信的天主並不要求深入討論福音信條，而注重切身實行；他要求弟子信仰能使人類行善的事物，他告訴我們隻要去愛自己的兄弟就是履行了信條①。”
基督教義宣揚宇宙間存在著具有人格的神——耶穌基督，神全知全能，至大至善。而人要想認識神，就必須學習聖經。傳統的天主教神學認為，聖經不是人人都能理解的，對聖經的闡釋是神職人員的事情，教會是耶穌基督在人間的統治者。經過宗教改革以後，路德新教和加爾文新教強調因信稱義，反對教會對聖經和信仰的壟斷，認為人人都可以憑借內心對上帝的信仰，通過閱讀聖經而認識上帝，獲得救贖。盧梭則反駁說，各種教條教義並不能使人認識上帝，反而會讓上帝的觀念混雜不清；不是在推崇上帝，而是在貶低上帝的地位。所以他說，教人違反理性和良心而信神的人，不是騙子就是瘋子。他認為，宇宙是不依我們的主觀意識而客觀存在的。不僅如此，宇宙的一切還在有規律地運動，那麽,是誰在操縱著這一切呢?盧梭認為，“我相信宇宙間存在著一種意誌力使得宇宙運動，使得自然具有生命”②。而且“假如由各種事物的運轉證明了意誌的存在，那麽,由它們運轉之秩序存在便可證明智慧的存在”。他把這個具有意誌並能完成其意誌者稱為上帝。並且他認為，上帝具有智慧、能力和意誌，因此上帝也必然是仁慈的。我們的善良的天性，恰恰是由上帝賦予的。他說，“你看一看那自然的景象，聽一聽那內心的呼聲。上帝豈不是把一切都擺在我們的眼前，把一切都告訴了我們的良心，把一切都交給我們去判斷了嗎?還有什麽東西需要由人來告訴我們呢?”①