《船員條例》及相關法律對違反船員法的行為規定了法律責任，從責任形式的角度劃分，可分為行政法律責任和刑事法律責任，其中行政法律責任又分為財產罰和行為罰。前者包括罰款、沒收；後者包括暫扣或吊銷許可證。情節嚴重，構成犯罪的，依法追究刑事責任。涉及需要追究刑事責任的犯罪主要包括：偽造、變造、買賣國家機關公文、證件罪；交通肇事罪；重大環境汙染事故罪；危險物品肇事罪；行賄罪；受賄罪；濫用職權罪；玩忽職守罪等。其中涉及船員的犯罪主要有交通肇事罪；重大環境汙染事故罪；危險物品肇事罪。
從責任主體的角度劃分，可分為船員的法律責任、用人單位的法律責任、船員培訓和服務機構和派遣機構及海事管理機構的法律責任。
一、船員的法律責任
（一）違反船員許可證管理行為的處罰
1.違法取得許可證的
以欺騙、賄賂等不正當手段取得船員服務簿、船員適任證書、船員培訓合格證書、中華人民共和國海員證的，由海事管理機構吊銷有關證件，並處2000元以上2萬元以下罰款。
2.不依法使用許可證的
偽造、變造或者買賣船員服務簿、船員適任證書、船員培訓合格證書、中華人民共和國海員證的，由海事管理機構收繳有關證件，處2萬元以上10萬元以下罰款，有違法所得的，還應當沒收違法所得。
3.不依法變更許可證的
船員服務簿記載的事項發生變更，船員未辦理變更手續的，由海事管理機構責令改正，可以處1000元以下罰款。
4.不依法攜帶許可證的
船員在船工作期間未攜帶本條例規定的有效證件的，由海事管理機構責令改正，可以處2000元以下罰款。
5.無證上船工作的
2003年9月1日起施行的《中華人民共和國海上海事行政處罰規定》第三十一條規定，未取得合格的船員職務證書或未通過船員培訓，擅自上船服務的，要依不同情形處以罰款，“未取得合格的船員職務證書”，包括下列情形：“（一）無船員職務證書；（二）持采取弄虛作假的方式取得的船員職務證書；（三）持偽造、變造的船員職務證書；（四）持轉讓、買賣或租借的船員職務證書；（五）所服務的船舶的航區、種類和等級以及所任職務超越所持船員職務證書限定的範圍；（六）持已經超過有效期限的船員職務證書；（七）其他不符合法律、行政法規和規章規定情形的船員職務證書。”（二）項、（四）項規定的違法行為，除處以罰款外，並處吊銷船員職務證書。對（五）的違法行為，除處以罰款外，並處扣留船員職務證書3個月至12個月的處罰。