一、中國航運管理機關的曆史發展
1949年新中國成立前夕，在中國人民政治協商第一次會議上設立了中央人民政府交通部，負責全國水運、公路和民間交通運輸工作。1949年11月19日至12月28日全國第1屆航務會議召開，會後中央人民政府交通部設立航務總局負責水路運輸管理工作。
1949年新中國成立以後，中央人民政府在交通部海運總局設立航政室，負責海上交通安全監督管理。隨著航運的發展，海事管理得到不斷發展。1951年5月4日，國務院發布《關於劃分中央與地方在財政經濟工作上管理職權的決定》，水運管理體製開始分為中央和地方兩類管理機構。1951年8月1日全國第2屆航務會議召開，會議決定交通部部內分設海運管理總局和河運管理總局，沿海設立北洋、華東、華南三個海運管理局，長江、黑龍江、珠江設立三個航務管理局，作為中央管理機構，其餘為地方交通部門管理。1953年北洋、華東海運管理局合並為上海海運管理局，華南海運局改為廣州海運管理局。
1966年和1981年，分別在長江幹線和廣東省成立航政管理局。1980年，經國務院、中央軍委批準，對海區航標管理體製進行改革，主要是將海軍管理的海上幹線公共航標移交交通部管理（沿海短程航線的航標於1958年移交交通部管理）。
20世紀80年代初，在交通部內設水上安全監督局，沿海各主要港口設港務監督，在長江、黑龍江分別設長江航政管理局、黑龍江港航監督局，各省、自治區、直轄市在交通廳或交通廳航運局設置港航監督處（室）或車船監理處，在主要港口設置港航監督或車船監理，縣市交通局一般也設有統一管理運輸業務和航政管理的航管站。
繼1982年國務院機構改革後，1988年4月9日七屆全國人大一次會議通過的國務院機構改革方案中繼續設立交通部作為國務院組成部門，負責公路、水路運輸管理。交通部內設工程管理司，負責公路、水運工程和基礎設施管理；內設運輸司，負責公路、水路運輸的管理。1998年6月18日國務院辦公廳印發了《交通部職能配置、內設機構和人員編製規定》（國辦發[1998]67號文），在交通部部內設立水運司，其職能為：擬定水運基礎設施建設、水路運輸的行業政策、規章和技術標準；維護水路交通行業的平等競爭秩序；負責水運基礎設施建設有關項目的管理；負責水運設施的維護和管理；負責水運規費稽征和國際國內水路運輸、港口、船舶代理、外輪理貨及其他水運服務業的管理；組織實施國家重點物資運輸和緊急運輸。長江、黑龍江、珠江航務管理局為交通部派出機構，對所在內河行使航運行政主管部門職責。其中，黑龍江航務管理局在政企分開、減員增效、逐步扭虧的基礎上下放給地方管理。