票據抗辯限製製度與票據善意取得製度，都是為了確保票據的流通能夠不受票據關係人之間權利瑕疵的影響，從而增強票據的流通性和安全性，保護善意持票人的合法權益，確保票據交易的安全。雖然二者功能相同，但在票據法上卻是兩種不同的法律製度，具有不同的特點，並有同時存在的必要。
1.法律依據不同
票據抗辯限製的法律依據是我國《票據法》第13條，而票據善意取得的法律依據為我國《票據法》第12條。
2.適用的場合不同
票據的善意取得隻適用於票據無權處分的場合，即轉讓票據的人不享有票據權利；而票據抗辯限製的適用則不限於無權處分的場合，票據關係人之間的任何抗辯都適用票據抗辯限製規則。
3.利益遭受損失的人不同
在票據抗辯限製製度中，由於票據債務人不能以原有的抗辯事由對抗善意持票人，因而其利益有可能遭受損失；而在票據的善意取得中，為了保護善意取得票據的持票人，真正的票據權利人的利益可能遭受損失。
4.爭議的焦點不同
在票據抗辯限製中，利益對立的雙方為持票人與票據債務人，爭議的焦點在於票據債務人能否行使抗辯權；而在票據善意取得中，利益對立的雙方為現持票人與真正的票據權利人，爭議的焦點在於現持票人能否取得票據權利。[2]
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實踐中，銀行的退票理由書究竟具有何種法律性質？在銀行匯票、銀行承兌匯票、銀行本票和支票中，由於銀行為付款人，是票據關係基礎的當事人之一，因而其出具的相關退票理由書應當具有票據抗辯的性質，適用有關票據抗辯的一切規則。而在商業承兌匯票中，銀行既不是出票人也不是付款人，因此付款行不是商業承兌匯票的當事人，其隻是基於出票人之間的委托關係而履行委托付款的義務，此時銀行的退票理由書並不具有票據抗辯的性質，屬於民法上的一般抗辯，不發生抗辯切斷。這就可以解釋為什麽商業承兌匯票的付款行可以出票人存款不足為由拒絕付款。