高等教育作為科技第一生產力和人才第一資源的重要結合點，在國家發展中具有十分重要的地位和作用。胡錦濤同誌在慶祝清華大學建校100周年大會上的講話中，明確指出高校必須大力提升人才培養水平，必須大力增強科學研究能力，必須大力服務經濟社會發展，必須大力推進文化傳承創新。這給高校黨建工作提出了新的任務和要求。而在高校黨的建設中，製度建設又一直處於核心位置。因此，加強和改進高校黨的建設，不斷提升高校黨建的科學化水平，必須緊緊抓住製度創新這個關鍵環節，從製度上保證黨的教育方針的貫徹實施，確保我國高等教育事業沿著正確的方向持續快速健康地發展。
一、製度創新：高校黨建科學化的核心工程
製度創新是指在人們現有的生產和生活環境條件下，通過創設新的、更能有效激勵人們行為的製度、規範體係來實現社會的持續發展和變革的創新。黨的製度建設必須以製度創新來推動。這是一項帶有根本性、全局性、穩定性和長期性的偉大工程。也正因為此，黨的十七屆四中全會在提出“黨的建設科學化”這一重大命題的同時，還特別強調“以科學製度保障黨的建設”，這進一步表明製度創新對於整個黨的建設的特殊意義。
就高校黨建而言，製度的創新尤為重要。新中國成立以來，我們黨和國家在高校政治思想建設方麵也曾製定了許多重要章程，比如《中華人民共和國教育部直屬高等學校暫行工作條例》（1961年9月15日）、《共青團在學校中思想政治工作綱要（試行草案）》（1962年l月4日）、《中華人民共和國高等教育政治工作條例（草案）》（1965年8月20日）等。但在“左”傾思想的指導下，這些規定卻很難形成製度化的現實。
改革開放以來，我們黨在高校更加重視製度建設，並在黨的領導製度、黨內民主、黨支部建設、思想政治工作和反腐倡廉等方麵都製定了大量的法規、條例和規則。這主要包括《高等學校教職工代表大會暫行條例》（1985年1月）、《中國共產黨普通高等學校基層組織工作條例》（1996年3月）、《普通高等學校黨建工作基本標準》（1998年6月）、《教育部直屬高等學校黨的紀律檢查工作暫行規定》（2004年12月）、《普通高等學校輔導員隊伍建設規定》（2006年9月）、2007年《中共教育部黨組關於加強普通高等學校基層黨組織建設的意見》等重要文件。