潘校長像團火，走到哪裏哪裏就燃燒。
——中原大學學員對潘梓年的印象
由於在黨內的出色表現，潘梓年被中共派往河南鄭州籌辦中原大學。籌建大學對他來說是陌生而富有挑戰的事情，但是他堅信：實事求是的態度到哪兒都行得通。
中原大學是在解放戰爭即將勝利的特殊曆史時期，由中國共產黨人創建的一所特殊的革命大學。1948年春，人民解放戰爭進入戰略決戰階段。大決戰即將展開，解放區建設又急需大批幹部，因而中共中原局決定報請中共中央批準，在中原解放區成立一所革命大學，培養和造就一批幹部，以適應革命形勢發展的需要。中共中央批準了中原局開辦學校的請求。為加強對學校的領導，鞏固所取得的勝利成果，擴大影響，以吸引廣大中原地區更多的進步青年前來參加學習，中共中央任命範文瀾為中原大學校長（範此時擔任北方大學校長，後因其他原因未到任），潘梓年任副校長（主持全麵工作，後任校長），孟夫唐任教務長。正是由於潘梓年副校長的到任，中原大學的領導核心迅速建立起來，學校的創建工作步入正軌，有條不紊地全麵展開。
建校伊始，辦學環境極其簡陋，既無校舍教室，又缺教員教材。但為了完成黨組織交給的辦學任務，潘梓年帶領全校師生在極其困難的條件下開展了靈活多樣的教學活動。沒有校舍，學員們就住在當地農民讓出來的空房中，鋪上麥草就是床；沒有教室課桌，兩腿上架一塊木板就當課桌，樹蔭下、打麥場，甚至馬棚、破廟也都成了上課教室。而教員則主要是來自河南大學的一些教授和晉察冀南下的幹部。即便如此，師資還是嚴重缺乏。為此，潘梓年常常擔任幾門政治理論課的主講，他以自己深厚的理論功底和二十多年來的革命經曆，把政治理論課講得既深入淺出，又新鮮活潑，使學員們在不知不覺中提高了政治覺悟，接受了馬克思主義世界觀和革命人生觀的教育。潘梓年不僅在課堂上向學員們講述馬克思主義基本理論和黨的方針政策，課後也時常與學員們談心，回答他們提出的各種問題，幫助他們樹立起正確的世界觀、人生觀。中學的教學經曆，讓第一次做大學校長的他，顯得鎮定自若，有條不紊。