現在中外學者談漢學，不是說巴黎如何，就是說東京如何，沒有提中國的。我們應當把漢學中心奪到中國，奪回北平。
——陳垣：《中國史料的整理》
陳垣身上有著很強的戰鬥因子，他反抗過清朝政府、北洋軍閥和日偽政權，除了在報紙雜誌上對各種反動勢力進行口誅筆伐之外，還將自己的拳拳愛國心融入教育事業當中。
陳垣利用一切可能的機會宣揚“品行第一”。輔仁大學的返校節上，陳垣給大家講了一個孔子開運動會的故事。《禮記》中有一節是講孔子主持射箭比賽的事情，讓誰把門呢？弟子子路。孔子說，有三種人不能參加，一種是敗軍之將，一種是為敵人做事情的，一種是認敵為父的。很多漢奸聽了以後都灰溜溜地走了。敵偽統治下，在一個很公開的場合說這樣的話，很不容易。
在教學當中，他也會巧妙地灌輸愛國思想。他開了一個新的課程叫“史源學”，有一次講到清朝兩個學者討論一個問題：金滅北宋以後，一時不能滅南宋，在中原地區建立過一個偽齊政權。這兩個學者討論偽齊的頭子劉豫死後到底埋在什麽地方。分析了兩人觀點之後，他突然話題一轉，說劉豫到底埋在哪裏不重要，有一條材料講，劉豫的後人都不承認他這個祖先。“所以一個人當了漢奸，連後人都不承認他。”
陳垣選擇研究曆史的道路，和他的愛國情懷也有很大關係。中國五千年連續不斷的文明史，一直吸引著眾多國內外的學者去研究和探索，外國人稱博大精深的中國學問為“漢學”，研究中國學問的人為“漢學家”。近代中國百事不如人，對中國學問的研究也落後於歐洲、日本。陳垣懷著對中華民族曆史文化的一片丹誠，對上述現象憤憤不平，在不同場合、不同時期多次呼喊“我們應當把漢學中心奪回中國”。陳垣的學生柴德庚、劉乃和多次聽到陳垣在課堂上講：“每當我接到日本寄來的研究中國曆史的論文時，我就感到像一顆炸彈扔到我的書桌上，激勵著我一定要在曆史研究上趕過他們。”這個所謂的“陳垣要強”，其實就是“國家要強”。曾在燕京大學受業於陳垣的翁獨健回憶說，聽陳垣講授“中國史學評論”課時，陳先生說：“19世紀以來，有人標榜東方學、漢學的中心在巴黎，當時巴黎有幾個著名的漢學家；後來日本雄心勃勃地要把漢學研究中心抱到東京去，當時日本研究的重點是蒙古史、元史。漢學研究中心在國外，是我們很大的恥辱。”陳垣鼓勵學生把它搶回北京來，鼓勵青年一代在文史戰線上取得超越前人、超越外國人的成果。正是在陳垣的影響下，翁獨健選擇了蒙元史作為自己一生的學術研究方向。