乾隆三十八年（1773年）八月，戴震奉召抵京，預修《四庫全書》。書館初開，意在自《永樂大典》中輯錄散佚古籍，震獲授校勘《永樂大典》纂修兼分校官。震校勘《水經注》多曆年所，自上年起即在浙東刊刻自定《水經注》，未及四分之一，因奉調入京而中輟。入館修書，有《永樂大典》可據，校訂《水經注》遂成駕輕就熟的第一件工作。同時，則根據其為學所長，分任天文、算法、小學、方言、禮製諸書的輯錄。是年十月三十日，戴震致書遠在蜀中的段玉裁，告以抵京數月所為，有雲：“數月來，纂次《永樂大典》內散篇，於《儀禮》得張淳《識誤》、李如圭《集釋》，於算學得《九章》、《海島》、《孫子》、《五曹》、《夏侯陽》五種算經。皆久佚而存於是者，足寶貴也。”[1]曆時年餘，震校《水經注》、《九章算術》、《五經算術》諸書相繼完成。
乾隆四十年四月，戴震會試又告落第，奉高宗諭，準與貢士一體殿試，賜同進士出身。五月，入翰林院為庶吉士。震初入詞館，即因論學齟齬，先後同蔣士銓、錢載發生爭執，尤其是與儒臣錢載的論辯，更成一樁學術公案，20餘年之後，依然為學者重提。翁方綱乃錢、戴二人發生爭議時的見證人之一，事後曾就此有專書致儒臣程晉芳，以平停二家爭議。據稱：
昨籜石與東原議論相詆，皆未免於過激。戴東原新入詞館，斥詈前輩，亦籜石有以激成之，皆空言無實據耳。籜石謂東原破碎大道，籜石蓋不知考訂之學，此不能折服東原也。訓詁名物，豈可目為破碎？學者正宜細究考訂詁訓，然後能講義理也。宋儒恃其義理明白，遂輕忽《爾雅》、《說文》，不幾漸流於空談耶？況宋儒每有執後世文字習用之義，輒定為詁訓者，是尤蔑古之弊，大不可也。今日錢、戴二君之爭辯，雖詞皆過激，究必以東原說為正也。然二君皆為時所稱，我輩當出一言持其平，使學者無歧惑焉。[2]