對符合免稅資格的慈善組織的認定，固然少不了實體法的要求，之所以賦予慈善組織以免稅的待遇，主要原因在於慈善組織的公益目的。但公益目的無法自證，因此需要法定化的程序。“現代社會與法律的合理性之所以是形式上的理性，是因為它指引的行動與行動的後果有更高程度的可計算性，而行動本身所追求與達到的目標卻是不確定的。”[11]也就是說，慈善組織自動取得免稅資格的國家比較少，各國都有嚴格的法定程序。免稅資格認定程序法定化，體現了形式正義理性。“在現代社會中，許多互動過程的進行是借助某種程式化和類型化的做法……這一特點還進一步體現在諸如程序正義這樣的製度安排中。也就是說，價值理性（如公平、平等）的實現經常要依循程序的方式才能獲得保證。”[12]法律製度的安排，不僅要從實體法上進行，也應從程序上加以設計。“人間之事，形式與實質相當，固為常態，但不盡然，有時會有形式與實質不一致，僅具表見事實之外觀的情事。鑒於形式表彰於外，比較容易認定其有無及範圍，所以，在規範的設計上，當重視在交易安全（例如表見事實引起之信賴的保護、登記製度）、防止糾紛或降低交易成本（例如要式規定），傾向於借助形式要素；當重視在公平，傾向於借助實質要素，作為規範的手段。由於考慮的角度不同，在規範的規劃上，有形式與實質層麵之不同規範的方式與要求，其規範設計之規範技能亦有差異，各有勝場，沒有絕對的優劣。具體情形要看規範目的何在，適能為適切的判斷。”[13]
慈善組織的收入、財產、活動即使符合稅法免稅要求的，也不是自動獲得免稅資格，而是要通過申請獲得免稅資格。在美國，除教會組織和一些規模較小（通常年收入不超過5000美元）的組織外，美國的非營利組織在成立後並非自動獲得免稅資格，還要另行向稅務機關進行申請。在認定慈善組織的免稅資格的權力配置方麵，美國賦予了聯邦政府即國家稅務局，隻有它才有權認定申請機構的免稅資格。另外，在對申請免稅資格的慈善組織進行審查時，形式審查和實質審查雙管齊下，以保證慈善組織在組織方麵和運作方麵都符合相應的要求。[14]這些做法，值得我國參照。對慈善組織免稅資格的審核，要有嚴格的稅務登記製度、納稅申報製度，免稅資格審核製度，以保證課稅免稅程序法定，稽查征收合法，堵塞稅收征管漏洞，確保稅收負擔公平合理。這些都要求慈善組織免稅資格程序法定化，避免人為的漏洞。