依據《刑法》第217條所規定的侵犯著作權罪的犯罪構成要件，司法機關在認定侵犯著作權罪時，至少應當證明如下幾個方麵：第一，被告人在主觀上以營利為目的；第二，著作權人享有合法權利，而且，沒有授權被告人行使相關著作權；第三，在客觀上有下列四種情形之一，具體包括未經著作權人許可，複製發行其文字作品、音樂、電影、電視、錄像作品、計算機軟件及其他作品；出版他人享有專有出版權的圖書的；未經錄音錄像製作者許可，複製發行其製作的錄音錄像的；製作、出售假冒他人署名的美術作品的；第四，違法所得數額較大或者有其他嚴重情節。但是，在司法實踐中，多數侵犯著作權犯罪案件的被告人財務管理混亂，既沒有銷售記錄、銷售發票，也沒有任何會計賬目，無法核實其違法所得情況。而且，多數盜版案件中，被告人複製發行的盜版作品的著作權人分散在各國或者地區，數量很多，偵查機關往往無法一一核實著作權人的信息，證明被告人是否獲得該著作權人的合法授權。有的案件就因此而證據不足，不了了之。有的司法機關則在確認被告人複製、發行的是非法出版物之後，幹脆以“非法經營罪”取代“侵犯著作權罪”、“銷售侵權複製品罪”，對被告人予以定罪處罰。這既不利於法律的統一、準確適用，也不利於民眾樹立保護著作權的意識。
大多數侵犯著作權犯罪案件中的證據由侵權人控製，行政機關、司法機關一般難以調取。針對這一現象，我國的立法和司法實踐有必要針對侵犯著作權犯罪案件中的某些待證事實實行舉證責任的轉移。在侵權人無法證明自身享有著作權或者經過著作權人許可時，推定其使用為非法行為。
（一）原因
第一，著作權作為知識產權的一種，在獨占性和排他性上不同於物權。著作權具有無形性，盡管和物權一樣，著作權人對其具有占有、使用、收益和處分的權利，但是，著作一旦被公開，權利人對其實際擁有的權利難以控製，容易被他人無限地複製。在侵犯著作權犯罪案件中，往往爭議的焦點就是，犯罪嫌疑人、被告人是否為合法使用或者其複製發行的複製品有無合法來源。在判斷他人是否為合法使用或者有無合法來源時，主要的標準就是看其是否得到著作權人的合法授權或者是否有無合法的來源。控訴者一般主張犯罪嫌疑人、被告人不具有合法的使用權或來源，而被指控者主張自己擁有合法使用權或來源。根據舉證責任的分配原理，在解決案件的舉證責任分配時，應當考慮到控辯雙方與證據的距離以及舉證的難易程度，一般而言，應當由接近證據的一方負舉證責任，由易於舉證的一方負舉證責任。唯有如此，才能體現訴訟的公平性。羅馬法諺稱：肯定者應證明，否定者不應證明。也就是說，主張積極事實的人應承擔證明責任，主張消極事實的人則不承擔證明責任。因此，為了體現對包含著作權在內的知識產權犯罪的打擊力度，有必要從形勢政策和訴訟公平性角度考慮，控訴者隻需證明自己是著作權人以及被侵犯的事實，犯罪嫌疑人、被告人應當對其對他人著作權使用的合法途徑加以證明，若無法證明，就應推定其行為係非法。