司法實踐中，我國司法機關在辦理侵犯著作權犯罪案件時，經常會遇到一些技術性難題。有人士指出，“在執法活動中，因為時間以及人力、物力、財力的限製，無法對相關的盜版軟件做出準確的鑒定，隻能做出涉案物品為非法出版物等方麵的鑒定，無法給出侵犯著作權的鑒定結論，結果導致無法對相應行為認定為犯罪。”[3]行為人非法複製、出版、製作的文字作品、錄音、錄像、計算機軟件、圖書、美術作品等與權利人享有的版權是否一致，是否有剽竊、抄襲、歪曲、篡改原告作品的現象，以及這些非法出版物、錄音、錄像和計算機軟件等的價值如何確定，都需要專門知識才能解決。當然，解決這一技術性難題的手段有很多，其中，由公安司法機關指派或者聘請鑒定人進行鑒定，是最常見的手段。[4]當然，還有一些法院在審判過程中，邀請具備專業知識的人民陪審員參與審判，邀請懂專業知識的專家作為法院的專家谘詢委員或者專家顧問進行谘詢等。
我國目前著作權犯罪案件中的司法鑒定存在的主要問題有：第一，針對同一專業技術問題出現多個不同鑒定結果，[5]不僅令司法機關無所適從，而且拖延了訴訟審理時間，增加了訴訟成本，降低了社會大眾對司法機關的信任程度。第二，依照我國刑事訴訟法及其司法解釋的規定，在刑事審判中，鑒定人需當庭宣讀鑒定結論，應當出庭接受當事人詢問，但在實踐中，鑒定人出庭率較低，訴訟參與各方無法對鑒定結論的形成過程等問題進行充分的質證，影響到法院對事實的認定。第三，在刑事訴訟中，當事人無權自行委托鑒定人進行鑒定，隻能申請公檢法機關指派或者聘請鑒定人進行鑒定。可見，當事人對是否進行鑒定、鑒定機構和鑒定人員的選任都無法起到根本決定性作用。到了刑事審判過程中，當事人缺少技術顧問的支持，沒有相應的專業能力而無法對鑒定人的鑒定結論和當庭陳述進行有效的質證，對其陳述的結論、過程和方法沒有能力進行專業層次的質疑，而隻能將質證重點放在鑒定人資格、回避等形式性、程序性問題上，對涉及自身訴訟利益的實質問題、事實問題缺乏足夠的防衛和進攻能力。[6]第四，目前在我國的知識產權司法鑒定實踐中，受該製度本身的規範性和完備性影響，各類鑒定的原則性標準和操作指南仍舊缺失。在鑒定個案中，鑒定的具體操作程序主要由鑒定人自行決定。[7]這也在某種程度上導致了，實踐中針對同一問題，出現不同的鑒定意見。第五，我國著作權司法鑒定機構和人員的水平參差不齊，影響鑒定結論的質量和可信度。盡管2005年通過《全國人大常委會關於司法鑒定管理問題的決定》對司法鑒定的管理體製、鑒定機構和鑒定人的條件、鑒定活動的原則、鑒定人負責製度、出庭作證義務等作了相應的規定。但是，我國仍然缺乏有效的鑒定機構和人員評價體係和進入、退出機製，以致實踐中鑒定人名冊製度僅僅是在司法行政機關登記名稱而已，不能對鑒定起到良性反饋作用。據統計，我國目前登記的知識產權鑒定機構近百家，分布於各地的鑒定人共1，400多人，司法鑒定水平難免良莠不齊。加之各地對知識產權司法鑒定各有規定，沒有知識產權司法鑒定人統一的準入標準，也沒有形成一套統一的程序和技術規範，無法保障知識產權司法鑒定的公信力。[8]資質好的鑒定機構固然可以通過優良的內部管理機製保證鑒定質量，但資質差的鑒定機構也完全可以對鑒定事項馬馬虎虎，草草了事。根據“劣幣驅逐良幣”的經濟學定律，劣質的鑒定勢必大行其道，從而損害了鑒定結論整體的公信力。[9]因為上述問題的存在，導致我國著作權犯罪案件中的技術鑒定處於十分混亂的局麵之中，這既不利於司法機關對案件事實的正確認定和處理，更不利於司法權威和司法公信力的樹立。