此處的問責“並不等同於簡單的追究違法責任，問責是融合角色定位、說明回應和違法追究三大環節於一體的係統性的監管機製”[17]。說明回應對於避免不合理的懲戒形成道德風險和逆向選擇具有合理性。這種融合懲戒和激勵的問責製，才真正契合道德色彩和組織色彩兼具的慈善組織。
一般而言，對違法慈善組織的法律責任追究的懲罰措施包括限期改正、罰款和取消免稅資格。對慈善組織而言，最為嚴厲的處罰莫過於取消其免稅資格。但由於這種出法實質上就等於判處慈善組織死刑了，因此在一般情況下是很少使用的，通常的做法是允許慈善組織對其行為進行糾正，並交納一定的懲罰性的稅金。美國《國內稅收條例》501（C）（1）項禁止慈善組織內部人員從與該組織的交易中獲取不當利益。而且，根據《國內稅收條例》4958條的規定，符合免稅條件的組織，向任何利益衝突人（個人或組織）提供超額利益的，都將受到懲罰性稅收的處罰；該慈善組織將被課征相當於超額利益10%的懲罰性稅收；收到超額利益的利益衝突人則將被課征相當於超額利益25%的稅金，而且如果利益衝突人不能及時改正此類違規交易的，還須繳納所獲利益200%的稅金。
在這一方麵，我國可以借鑒美國稅法的規定，根據相關違法違規行為的危害性分門別類地製定相應的懲罰性措施。例如，若享有免稅資格的慈善組織及其內部工作人員假借慈善組織的從事違背其宗旨的行為，並從中獲取不當利益的，稅務機關首先應責令該慈善組織限期改正，並對該組織課征一定比例的懲罰性稅收，而且還應對該組織的相關內部人員課以相當於其所獲利益一定比例的懲罰性稅收。如果該慈善組織仍不能及時校正其違法違規行為或有其他嚴重情節的，稅務機關方可在一定期限內取消其免稅資格。