（一）管理主體問題
城市汙水處理的全過程可以分為汙水的排放、收集、處理和再利用四個環節。根據《水汙染防治法》和《城市排水許可管理辦法》，建設主管部門和環境保護主管部門主要負責汙水管理事項。其中，在汙水排放環節，建設主管部門負責排水許可和監管，環境保護部門負責排汙許可和監管。在汙水收集、處理和再利用環節，建設主管部門負責汙水處理設施（汙水管網和汙水處理廠）的建設和運行管理，環境保護主管部門負責監督汙水處理設施正常運行和達標排放。
建設主管部門和環境保護主管部門在汙水管理中不是相互協作的關係，而是各自為政。建設主管部門負責汙水處理廠的建設和運行；環境保護主管部門負責排汙企業和汙水處理廠的監督管理。排汙企業偷排、超標排放導致汙水處理廠水質水量不穩定，增加了汙水處理廠的運行成本，而增加運行成本與環保部門沒有任何利益關係，反而環保部門在檢查偷排超標排放時會從企業那裏有獲得權力租金，從而導致汙水處理廠的壓力巨大。然而，汙水處理廠沒有執法權，無權控製汙水排放是否達標。由於這個原因，汙水處理廠在很多地方已經由環保部門負責運行，雖然此種方式環保局即當運動員又當裁判員，但是由於汙水處理與環保部門利益相關聯，從而迫使環保部門對排汙企業加強管理。另外，汙水管理主體存在的問題還表現在排水管理和供水管理的分割。[3]城市汙水的收集和處理都由排水部門管理，城市生活和生產用水則由供水部門管理，排水管理部門和供水管理部門的分割導致汙水回用沒有納入到供水計劃，從而造成了水資源的浪費。
（二）管理手段問題
1.“命令—控製”型手段存在的問題
（1）排放標準落後。現行國家汙水處理排放標準沒有隨著經濟和科學技術的發展而及時更新。例如，1998年製定的《汙水綜合排放標準》和2002年製定的《城鎮汙水處理廠汙染物排放標準》，現在仍然沿用。環境保護部已經著手這兩個標準的修改，並於2010年10月14日開始征集相關部門和科研院所對修訂國家環境保護標準《汙水綜合排放標準》和《城鎮汙水處理廠汙染物排放標準》的意見。