（一）法律依據不足
國家機構的設立，必須要有《憲法》依據。而我國幾經修改的《憲法》從未涉及行政法院的設置問題，而修憲卻不是一件動輒起議的事情，需要時間，更需要最高決策層的認可，這個問題不是短時期所能解決的。雖然有人認為《憲法》第124條第1款可以作為設立行政法院的依據，但行政法院畢竟不同於鐵路、海事等專門法院，其設置的數量、職權範圍、社會影響均不是其他專門法院可比擬的。設置行政法院可以稱得上法院格局的大變動，修憲是情理之中的。
（二）成本巨大
設立行政法院恐會增加機構編製和成本，與中央縮減機關人員數量的一貫做法相悖。[11]設立行政法院必然會增設人員機構，如果不改變現有的按行政區劃設置法院的方法，單是基層行政法院就會超過3000個，再加上中級和高級行政法院，全國行政法院總數目會突破3500個。[12]投入的人力、物力、財力都是無法估量的。而且在設置的過程中必將出現一些無法預估的支出，甚至有可能引起機構的不穩定，出現社會問題。
（三）前景不甚明朗
目前我國行政訴訟發展時間短，公民的行政訴訟意識並不強烈，行政訴訟案件數量本來就不多。很大的可能是出現建立起龐大的行政法院體係而又沒有足夠的案件的尷尬局麵，這樣的行政法院就成了空擺設。在投入巨大的成本之後，行政法院沒有充分發揮其實際作用，這樣的改革投入與產出的比例太不協調了。