在討論完基本權利的兩個重要功能之後，我們不禁會問，第三人效力理論與同樣源於德國的國家保護義務理論之間到底是什麽關係？兩種功能是否可以相互替代？
雖然第三人效力針對的是私人，而國家保護義務針對的是國家，但是基本權利的這兩個功能還是有一些相似之處。兩個理論的共同點首先體現在它們的憲法基礎全都是基本權利的客觀價值規範。此外，兩個理論的最終目標都是使公民的基本權利不受非國家權力侵害，主要是規範私人之間的關係。再者，兩個理論均無法回避基本權利的衝突問題，當基本權利發生衝突時都要進行利益權衡，且權衡方法雷同。盡管如此，德國聯邦憲法法院仍然認為基本權利的第三人效力和國家保護義務功能分別有其存在的必要性，在裁決中經常在認可基本權利國家保護義務的同時引用第三人效力理論。[37]筆者也讚同這一觀點。一方麵，第三人效力理論無法完全替代國家保護義務理論，因為基本權利的第三人效力主要是防範私法領域的侵害行為，而國家保護義務不僅局限於私法領域，而是在包括行政法和刑法在內的各個領域對公民基本權利的保護，雖然國家保護義務主要目的也是保護公民的基本權利不受來自其他私人，特別是某些社會權力的侵害，但是它還包括保護公民基本權利不受其他勢力的侵襲，比如外國勢力、自然力等；可見，國家保護義務可以使公民的基本權利得到更加全麵的保護。而另一方麵，國家保護義務理論也無法完全替代第三人效力理論，若是立法機關履行對公民基本權利的保護義務，立法也是以第三人效力理論作為基礎的，如果否認基本權利存在第三人效力，那麽國家也不能通過立法對基本權利的價值具體化來規範私人之間的權利。