（一）我國多元化糾紛解決機製存在的問題
第一，缺乏必要的上位法依據。在全國各地對多元化糾紛解決方式進行積極探索的同時，其中某些程序設計是否違反上位法值得考證。例如，現行的刑訴法中並沒有刑事和解的相關規定，各地法院進行的委托調解在民訴法中是否有委托權限，針對人民調解協議的司法確認與民訴法和仲裁法之間的銜接問題[14]，等等。
第二，目標定位模糊不清。多元化糾紛解決機製的設計以國家的權力為中心，會忽略糾紛當事人的程序選擇權，有可能影響到多元化糾紛解決在化解社會矛盾中的效用。在司法與政治關係密切的情況下，如何正確發揮法院的功能，如何識別司法所追求的目標，將成為難題。
第三，如何恰當平衡依法調解與靈活調解之間的衝突。依法調解是多元化糾紛解決的基本原則之一，但是，不拘泥於法律、法規且側重方式的靈活性正是人民調解的獨特優勢，如何處理“依法”與“靈活”之間的關係則是一個重要課題。甚至在仲裁領域，“依法仲裁”與“友好仲裁”也是值得關注的問題。
第四，地方實踐中“各自為政”。在中央文件精神和“兩高”意見的指導下，各地黨政機關和司法機關充分發揮主觀能動性，積極開展不同形式的探索。我們在肯定地方差異性的同時，也應當警惕對司法同一性的衝擊。例如，有些法院提出“零判決”，有的法院提出“調解年”，針對刑事和解，各地法院還有著不同做法：有的法院主張在故意殺人案件中，對雙方當事人達成和解、被告人真誠悔罪的案件，也可以適用刑事和解；而有的法院則反對此觀點。這種情形將會破壞我國司法製度的統一性，引發群眾對於司法機關的不滿，不利於社會秩序的和諧穩定與法治的可持續發展。