多項基線設計不僅類型多樣，而且操作起來也比倒返設計更複雜。因此，要有效運用多項基線設計，應遵循以下原則：
第一，明確定義目標行為。這是行為改變技術實施的必備步驟，多項基線實驗也不例外。因此，在正式開始實驗之前，先要明確定義目標行為。
第二，注意實施行為處理階段的條件。多項基線設計有多個基線，應該等到所有的基線都保持穩定狀態或可以接受的趨勢後，才能對第一位（種）被矯正者（行為或條件）施行實驗處理。同時，也應等到第一位（種）被矯正者（行為或條件）在處理階段的問題行為達到預定標準並趨於穩定後，方可對第二位（種）被矯正者（行為或條件）施行實驗處理，以此類推。
第三，注意實驗中可能出現的問題，以便及時處理。比如，如果第二位或第三位被矯正者問題行為在尚未施加處理條件之前，就隨著前一位被矯正者問題行為的改變而改變，就應暫停實驗，找出各種原因，如確定是由於被試間的相似性質引起的類化，還是由於其他變量的影響造成的，然後進一步完善實驗設計。行為條件的類似情況也照此處理。如果某一被試（行為或條件）在實驗條件引入後，並不因此而發生問題行為的改變，則須另換處理條件。