一、偵查權、檢察權、審判權由專門機關依法行使
《刑事訴訟法》第3條規定：“對刑事案件的偵查、拘留、執行逮捕、預審，由公安機關負責。檢察、批準逮捕、檢察機關直接受理的案件的偵查、提起公訴，由人民檢察院負責。審判由人民法院負責。除法律特別規定的以外，其他任何機關、團體和個人都無權行使這些權力。人民法院、人民檢察院和公安機關進行刑事訴訟，必須嚴格遵守本法和其他法律的有關規定。”根據該條規定，該原則應從以下幾個方麵來理解。
（一）隻有公、檢、法三機關有權行使偵查權、檢察權、審判權，其他機關、團體和個人都無權行使這些權力
《刑事訴訟法》明確規定偵查權、檢察權、審判權由公、檢、法三機關分別行使，旨在防止因其他機關、團體和個人濫用國家刑事訴訟職權，給公民人身權利、財產權利、民主權利以及其他權利造成侵害的現象發生。但是，法律有例外的規定，如關於偵查權的行使，《刑事訴訟法》修正後第4條規定：“國家安全機關依照法律規定，辦理危害國家安全的刑事案件，行使與公安機關相同的職權。”這是對第3條關於偵查權、檢察權、審判權由專門機關依法行使原則的補充。另外，軍隊保衛部門對軍隊內部發生的刑事案件進行偵查，監獄對罪犯在監獄內犯罪的刑事案件進行偵查。可見，國家安全機關、軍隊保衛部門和監獄根據法律規定，對特定範圍內的案件或特定性質的刑事案件，可以行使偵查權。
（二）公安機關、人民檢察院、人民法院依照法律行使職權，必須遵循法律規定
首先必須嚴格遵守《刑事訴訟法》規定的各項製度和程序，不得違反《刑事訴訟法》的規定，同時也必須嚴格遵守其他法律的有關規定。這裏的“其他法律”是指規定了刑事訴訟程序的法律，包括刑法、人民法院組織法、人民檢察院組織法、律師法、國家安全法、海關法等。當相關司法解釋、部門規章、內部規定等與“本法和其他法律的有關規定”抵觸時，應根據上位法優於下位法原則，適用“本法和其他法律的有關規定”。對於濫用職權的行為，行使該職權的機關及其直接責任人員應承擔法律責任。