補充偵查，指公安機關或人民檢察院對案件部分事實不清、證據不足或尚有遺漏罪行、遺漏同案犯罪嫌疑人的，依照法定程序，在原有偵查工作的基礎上作進一步調查、補充證據的訴訟活動。補充偵查是偵查權的重要組成部分，隻有偵查主體才有權實施。補充偵查並非每個案件的必經程序，具有保證查清定罪量刑的必要事實、情節，防止並糾正刑事訴訟過程中的錯誤、疏漏的功能。
一、審查逮捕階段的補充偵查
人民檢察院對公安機關提請批準逮捕的申請，隻能作出批準或不批準的決定，既不得將案件退回公安機關補充偵查，也不得另行偵查。對決定不批準逮捕的案件，若需要補充偵查的，則應同時通知公安機關。公安機關在補充偵查後，可重新提請人民檢察院審查批準逮捕。
二、審查起訴階段的補充偵查
在審查起訴階段，人民檢察院認為需要補充偵查的，應提出具體的書麵意見，連同案卷材料一並退回公安機關補充偵查；人民檢察院也可自行偵查，必要時可要求公安機關提供協助。退回公安機關補充偵查的，應當在1個月以內補充偵查完畢；人民檢察院決定自行偵查的，應當在審查起訴期限內偵查完畢。審查起訴階段的補充偵查以兩次為限。對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足、不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定；對於經過二次補充偵查，仍然證據不足、不符合起訴條件的案件，應當作出不起訴的決定。
補充偵查完畢移送人民檢察院後，審查起訴期限重新計算。
三、法庭審理階段的補充偵查
庭審階段，人民檢察院對事實不清、證據不足的案件擁有兩次提出補充偵查的權力，法庭對此應決定延期審理。每次補充偵查不得超過1個月，人民檢察院應自行收集證據、進行調查，必要時可要求公安機關提供協助。人民檢察院將補充收集的證據移送人民法院的，人民法院應當通知辯護人、訴訟代理人查閱、摘抄、複製。為體現司法中立，人民法院不能以事實不清、證據不足為由，主動將案件退回人民檢察院補充偵查，但可以針對案件中有利於被告人的部分情況，主動建議檢察機關補充偵查。補充偵查期限屆滿後，經法庭通知，人民檢察院未將案件移送人民法院，且未說明原因的，人民法院可以決定按撤訴處理。