刑事訴訟中的專門機關，是指依照法定職權進行刑事訴訟活動，並在訴訟中承擔一定職能的國家機關。刑事訴訟中的專門機關主要包括公安機關、人民檢察院、人民法院和在法律規定的一些案件中行使偵查權的國家安全機關、軍隊保衛部門、監獄、海關走私犯罪偵查部門等。
一、公安機關
公安機關是國家的治安保衛機關，是各級人民政府的組成部分，是武裝性質的國家治安行政力量和刑事司法力量，是負責社會治安和國內安全保衛工作的專門機關。
公安機關的組織體係：在中央一級，國務院設立公安部，組織領導全國的公安工作；在省、自治區、直轄市一級設公安廳（局）；在地區、自治州和省轄市設公安處（局）；在縣、縣級市、自治縣設公安局；在直轄市和中等城市的市轄區設公安分局。根據需要，在大中城市各街道辦事處和縣屬的鄉、鎮設立公安派出所。此外，在一些特殊的部門或單位設立專門公安機關，包括在國家海關總署設立的海關總署緝私局；在各直屬海關設立的緝私局；在鐵路、林業、民航、水運等係統設立的公安機關。
根據刑事訴訟法的規定，刑事案件的偵查由公安機關進行，法律另有規定的除外。在刑事訴訟中，作為最主要的偵查機關，公安機關的主要任務是負責刑事案件的偵查，其行使的主要職權如下。
1.立案權
對屬於自己管轄的案件，在認為有犯罪事實發生並且需要追究刑事責任時，公安機關有權決定立案。
2.偵查權
在偵查過程中，公安機關有權依法訊問犯罪嫌疑人，詢問證人，有權進行勘驗、檢查、搜查，有權扣押物證、書證，凍結存款、匯款，有權組織鑒定和偵查實驗，實施通緝，有權對犯罪嫌疑人采取拘傳、取保候審、監視居住等強製措施。對現行犯或重大嫌疑分子有權先行拘留。對符合逮捕條件的犯罪嫌疑人有權申請檢察機關批準逮捕，對經人民檢察院批準逮捕或人民檢察院、人民法院決定逮捕的犯罪嫌疑人，有權執行逮捕。對有證據證明有犯罪事實的案件，有權進行預審。對符合法定條件的案件，有權作出偵查終結的決定。