除研究股外，學校教育課的其他各股亦呈現出濃厚的學術研究色彩。指導股要求其定期或臨時性地到全市各學校巡察指導，主動與研究股聯係，隨時介紹研究成果、推廣有益經驗。編審股著重介紹一些新的教材和教法，並向社會介紹教育實驗研究的成果及教育行政和學校內部的情況，同時要聯絡研究股審查各種兒童讀物，並加以審定或改編，以適合兒童的需要。調查股之責是專門對各校的辦學效果，包括“教材之良毓、學生之優劣、師資之好壞、費用之多寡、效率之大小”等進行調查、統計並予以評價，為研究股提供教育研究資料，以便綜合比較，圖謀改進。衛生股則是針對當時中國人衛生習慣差的實際情況而設的，除指導各校進行衛生知識宣傳和清潔習慣的訓練外，還與社會合作開展衛生運動，防止疾病的傳染和流行。陳鶴琴對教育課內部組織結構的安排，能讓我們感受到這一行政機構所呈現出來的學術研究精神和科學管理水平，這也是他一貫重視研究的個性精神和由蔡元培首倡的教育行政學術化的時代取向的綜合表現。
其次，陳鶴琴在南京市區全麵建立小學教育實驗區。陳鶴琴負責的學校教育課的管理範圍包括全市公、私立中、小學，嬰幼教育，師範教育和社會教育。其中小學數量最多。由於小學跟各方麵聯係最廣，處在問題的中心。陳鶴琴認為：“欲切實整理市教育，當然以市立小學為基礎。”他通過裁撤合並，一方麵，合理調整全市小學的布局；另一方麵，擴大辦學規模，提高辦學效率。在南京市原有40所市立小學的基礎上，又設立市立小學40所，使辦學規模成倍增長。將40所市立小學分為前期小學25所，完全小學10所，實驗學校5所。他建立了全市範圍內的小學教育實驗區。他將全市40所市立小學劃分為東、西、南、北、中五個實驗區，每區有實驗學校一所，各區以實驗學校為中心領導所在區的所有小學的教學工作。各實驗區在教育課領導下按照獨立聯係、分工合作的原則，進行行政、教學的實驗研究等方麵的工作。