哈佛一直保持著學術自由的優良傳統。科南特非常欣賞他的前輩們為哈佛學術自由所作出的努力，他曾說，“在哈佛的曆史上，艾略特校長曾經極力稱讚哈佛教授的自由。1917年，麵對一些哈佛畢業生對於哈佛法學院教授發表的公共言論的攻擊，羅威爾校長也極力維護哈佛教授的自由。”①
1934年，在科南特繼任校長後不久的一次與校友的談話中，他說：“在羅威爾校長任職期間，特別是在第一次世界大戰以後艱苦的日子裏，羅威爾校長充滿勇氣地極力推廣學術自由的理念。他的立場使哈佛的畢業生和這個國家的所有公民相信：永遠確保教師自由地追求他們發現的真理並表達他們經過思考的觀點非常重要。哈佛和在這塊土地上所有的其他大學，會永遠感激羅威爾校長為學術自由所作出的努力。”②
科南特認為，大學有著確保人們去自由表達各自觀點的社會責任。“今日我們處在一個迷茫困惑的時代，政治的目標和計劃以及經濟的目標和計劃常常在激烈的爭論中。並且政治的熱情時常高漲。無論這個世界所麵對的未來是何種模樣，大學必須堅守自己的原則確保自由的研究和自由的爭論。沒有人能夠確保目前這個國家所麵對的經濟問題和政治問題的答案是正確的，我們為了保持哈佛令人興奮的氣氛，必須做到讓當前的問題處於熱烈的爭論中。在我看來，獲得終身職位的教師——那些品德高尚、極為聰慧、才華橫溢、持有根本上不同立場的人們，他們各方都應該具有代表。哈佛必須保證所有人的自由，並且繼續吸引各陣營中的代表。隻有這樣，我們才能發揮我們最大的價值並且對得起你我的過去。”①
為遵循學術自由的傳統，科南特希望哈佛大學能保持政治上的獨立性。1934年，他斷然拒絕接受德國的哈佛校友恩斯特·漢夫斯滕格爾(Enst F.S.Hanfstaengl)的捐款，因為漢夫斯滕格爾是納粹領袖希特勒的私人朋友與政治夥伴。1936年哈佛大學三百年校慶時，羅斯福總統作為畢業生參加典禮，考慮到哈佛師生對“新政”的敵視，科南特毅然對總統的講話內容與時間加以限製。他後來說：“羅斯福的講話沒有政治色彩，非常適合那個場合。”②