維多利亞死後，他想回到翡冷翠，把“他的疲勞的筋骨睡在他的老父旁邊”。當他一生侍奉了幾代的教皇之後，他要把他的殘年奉獻給神。也許他是受著女友的鼓勵，要完成他最後的意願。一五四七年一月一日，維多利亞·科隆娜逝世前一月，他奉到保羅三世的敕令，被任為聖彼得大寺的建築師兼總監。他接受這委任並非毫無困難；且亦不是教皇的堅持才使他決心承允在七十餘歲的高年去負擔他一生從未負擔過的重任。他認為這是神的使命，是他應盡的義務：
“許多人以為——而我亦相信——我是由神安放在這職位上的，”他寫道，“不論我是如何衰老，我不願放棄它；因為我是為了愛戴神而服務，我把一切希望都寄托在他身上。”
對於這件神聖的事業，任何薪給他不願收受。
在這樁事情上，他又遇到了不少敵人：第一是桑迦羅一派[285]，如瓦薩裏所說的，此外還有一切辦事員、供奉人、工程承造人，被他揭發出許多營私舞弊的劣跡，而桑迦羅對於這些卻假作癡聾不加聞問。“米開朗琪羅，”瓦薩裏說，“把聖彼得從賊與強盜的手中解放了出來。”
反對他的人都聯絡起來。首領是無恥的建築師南尼·迪·巴喬·比焦，為瓦薩裏認為盜竊米開朗琪羅而此刻又想排擠他的。人們散布謊言，說米開朗琪羅對於建築是全然不懂的，隻是浪費金錢，弄壞前人的作品。聖彼得大寺的行政委員會也加入攻擊建築師，於一五五一年發起組織一個莊嚴的查辦委員會，即由教皇主席；監察人員與工人都來控告米開朗琪羅，薩爾維亞蒂與切爾維尼[286]兩個主教又袒護著那些控訴者。米開朗琪羅簡直不願申辯：他拒絕和他們辯論。——他和切爾維尼主教說：“我並沒有把我所要做的計劃通知你，或其他任何人的義務。你的事情是監察經費的支出。其他的事情與你無幹。”——他的不改性的驕傲從來不答應把他的計劃告訴任何人。他回答那些怨望的工人道：“你們的事情是泥水工，斫工，木工，做你們的事，執行我的命令。至於要知道我思想些什麽，你們永不會知道；因為這是有損我的尊嚴的。”