倭寇是起於元末的。元世祖用兵日本後，日本禁止其人民，不許和元國交通，然而通商貿易之事，哪裏禁止得住？正經的商人被禁了，沿海的無賴，還是要私自出海的。其結果，遂至流為海寇。明初已頗有其患，所以在沿海，設立衛所頗多。然而承平既久，都有名無實了。
明朝在沿海，亦設有市舶司。其意不在於征稅，而重於管理，這亦是所以防海寇的。世宗時，司又廢而不設。和日本人做買賣的，都欠錢不還。日本人流落不得歸，遂又流為海盜。其初起於江、浙，後來中國的海盜也附和進去了，還有內地的奸民和他暗通聲氣，把糧食、物品接濟他，於是其勢大盛。沿海各省，無一處不受其害。曆十餘年才打平。
世宗死後，穆宗即位。任高拱為相。在位六年而崩。神宗繼立，年幼，張居正為相。居正是很有政治手腕的，任職之日，政治頗見清明。然及其死後，神宗又複荒怠，明事就更無可為了。