前文中為大家介紹了準確把握各種成本的方法。但實際上“準確”掌握成本，也會給我們帶來很多煩惱。接下來我將為大家介紹一些具有代表性的問題。因為沒有唯一絕對的正確答案，所以大家也可以自己思考應該如何應對這些問題。
間接費用的分配
比如前文中介紹過的飲料公司的例子，在準確掌握成本後，如何分配間接費用就成了一個很大的問題。特別是在最近多品種少量化的影響下，間接費用的比率逐漸增大，這個問題就變得更加重要了。
另外，間接費用也並不是說隻要按照實際情況進行分配就可以的。準確把握實際情況和公司部門及個人的評價完全是兩碼事。尤其是具有發展前景的事業，如果按照實際情況的數字來進行人事考核，那麽很有可能影響這個很有發展前途的部門的工作積極性。因此，對於新事業應該少分配一些間接費用，從而降低該事業的負擔。
對未開工經營資源的處理
任何企業也不可能將經營資源100%地利用起來，對於未開工部分的成本應該如何處理也是一個很難解決的問題。比如工廠有三條生產線，生產線1生產產品A，生產線2生產產品B，生產線3則處於停工狀態。生產線1的折舊費可以直接算進產品A的成本之中，那麽生產線3的折舊費應該在產品A和B中如何分配呢？雖然從準確把握實際情況的角度上來看，這個成本不應該分到A和B任意一個產品之中去，但對於企業全體來說卻必須有人來承擔這部分的成本。
對免費加班的處理
與“未開工的經營資源”沒工作也會產生成本相對的是免費加班，也就是明明工作了卻沒有產生成本。但是，如果因為免費加班並沒有產生成本就對其徹底無視，會導致無法準確把握實際情況。如果一個員工每天應該工作8小時，結果卻工作了12小時，那麽這名員工的人工費應該如何判斷就是一個很大的問題（本來最好的解決辦法是消除免費加班的情況，但對於所有企業來說都不可能立刻解決這個問題）。