1895年中日《馬關條約》簽訂，當時在天津任糧台的右銘先生，聞訊後痛哭失聲，說：“這已經不像個國家了。”聽說代表清廷簽署喪權辱國條約的李鴻章，回國後還要在天津留任總督，陳寶箴說：“他早晨回來，我晚上就掛冠而去！”並說：“勳舊大臣如李公，首當其難，極知不堪戰，當投闕瀝血自陳，爭以生死去就，如是十可七八回聖聽。今蝟塞責，望謗議，舉中國之大、宗社之重，懸孤注，戲付一擲，大臣均休戚，所自處甯有是耶？其世所蔽罪李公，吾蓋未暇為李公罪矣。”[84]從而拒不與李鴻章見麵。誠如識者所言，甲午之敗是不該戰而戰之敗，因此尤堪哀痛。而早在1860年會試留京師期間，英法聯軍火燒圓明園，右銘飲於酒肆，遙見火光，不覺槌案痛哭，舉座為之震驚[85]。這些地方，都表現出義寧之學的得其大體、氣節凜然而又獨立不依的精神。郭嵩燾概括陳寶箴為人治事的特點：“其自視經營天下，蓄之方寸而發於事業，以曲當於人心，固自其素定也。艱難盤錯，應機立斷，獨喜自負。”[86]自是知者之評。
義寧之學的氣節操守和為人為學獨立精神，還表現在論學論治不摻雜黨派成見。陳三立說：“府君獨知時變所當為而已，不複較孰為新舊，尤無所謂新黨舊黨之見。”[87]這些，對後來的史學家陳寅恪流品與風格的形成，有直接的影響。蓋因黨派之見，無非私見，而豪傑誌士、學者之懷，在存乎公心。我們看右銘、散原、寅恪，何時因個體之私而與人與事？陳寶箴在湖北按察使任上，總督張之洞與湖北巡撫譚繼洵不相得，但對陳寶箴都格外倚重。遇有處理事情失當之處，右銘總是椐理力爭，使有芥蒂的雙方均感信服[88]。有一次因襄陽知縣的任用，張、譚發生分歧，張提出朱某，譚主張用張某，使得職掌按察使和布政使兩司的陳寶箴左右為難，於是掛出兩張告示牌，出個洋相給大家看。武昌知府李有棻請人提醒這樣做不好，右銘說：“督撫目無兩司久矣，吾欲使知兩司亦未可侮也。”[89]後來撤銷了張之洞的提名。按清朝的官製，藩台、臬台（兩司）是省衙專管人事和司法的部門，右銘的抗爭有維護責權的意思，有益於建立正常的吏治秩序。