分析尼安德特人的DNA
截至2006年，分析DNA的儀器——新一代測序儀（第二代測序儀）投入使用，能夠同時對數千萬個隨機切分出的DNA片段的核酸序列進行分析。過去的測序儀隻能分析線粒體DNA，而新一代測序儀還能分析核DNA。
2010年，研究者公布了一項研究成果：通過對三個尼安德特人開展DNA分析，複原出了他們基因組（所有遺傳物質的總和）的大約六成信息。將非洲人、歐洲人和亞洲人的基因組與尼安德特人對比分析，結果顯示，尼安德特人與非洲人的基因組在種類上有著巨大差異。
過去，科學家們推算尼安德特人和智人的分歧點大約在80萬年前。而線粒體DNA的分析結果顯示分歧點在60萬年前，結果相當接近。
◆走出非洲的智人前往世界各地
如果尼安德特人的確是在這一時期和智人產生分歧的話，非洲人、歐洲人和亞洲人的基因組與尼安德特人基因組的差異應當差不多。但實際上，非洲人、歐洲人和亞洲人中，隻有非洲人與尼安德特人有很大差異。假設走出非洲的智人在那之後和尼安德特人混血，並前往亞洲和歐洲生活的話，便能夠解釋這個現象。如此一來，歐洲人和亞洲人在非洲人之外還繼承了尼安德特人的DNA，所以彼此之間的差異會更小。
通過這一發現，我們可以認為尼安德特人並沒有滅絕，而是將DNA留存在我們現代人類體內了。
在不久前，人們還普遍認為“走出非洲的智人驅逐了尼安德特人和原人的後代，占領了全世界”，但到了現在，我們已經有必要對非洲起源學說進行部分修正了。
2014年開展的高精度尼安德特人DNA分析證明了，即便考慮到個體差異，在現代人類體內還是遺傳了1%——3%的尼安德特人基因。日本人也有百分之幾的尼安德特人基因。