司馬遷之忍可謂前無古人，後無來者。形體已死，精神不滅。在恥辱的狂擊之下，他沒有倒下，反而被推上了光輝的頂峰，他忍住了對男性最慘無人道的摧殘，創作出了傲睨古今、淩軼百代的《史記》。
元封三年(公元前108年)，38歲的司馬遷繼承了父親生前的職務，被漢武帝任命為太史令。
西漢時代，太史令還兼有皇家天文台台長的職責，諸如天文、氣象、曆法、星占等涉及“天”的迷信與科學事宜，都歸太史令掌管，它需要有“文史星曆”專門知識的人才能充任。司馬遷正是這樣的理想人選。
司馬遷擔任太史令後，在改曆工作中所表現出的忠誠和才幹，博得了漢武帝的賞識和信任。事業上的成功使司馬遷的心情十分舒展，他有更充沛的精力去考慮將父親的遺命變為現實。他認為應該像父親說得那樣，繼孔子之後，在曆史著述上作一番努力，於是，他決心承擔起這個艱巨而又神聖的使命。
經過多年的苦心準備，漢武帝太初元年(公元前104年)，司馬遷決心將他們父子幾代人的理想變為現實。他提起如椽大筆，開始了他那鴻篇巨製《史記》的寫作。
正當司馬遷雄心勃勃，準備建造他那文化史上最輝煌的大廈時，一場巨大的災難將他推進了深淵。
這場災難的導火線是李陵一案。李陵是名將李廣的孫子，精於騎射，有祖父李廣遺風，謙虛下士，為人守信，不貪財，有口皆碑。漢武帝曾派他率領八百騎兵深入匈奴領地二千餘裏，偵察地形。回來後任騎都尉，率兵士五千人，在酒泉張掖一帶，鎮守邊防。天漢二年(公元前99年)初秋時節，漢武帝再一次要為貳師將軍李廣利立功封侯創造機會，命他率三萬騎兵出酒泉攻打匈奴右賢王於天山，並命令李陵同行，替李廣利管理軍糧、軍械等輜重。李陵因瞧不起這位無才無德、靠裙帶關係爬上來的將軍，不願意接受這個差使，便在漢武帝召見時表示，希望能獨自帶兵去蘭幹山以南活動，這樣可以分散匈奴軍隊的注意力，以減少對李利所部的壓力。漢武帝聽後不悅，並說朝廷再也派不出騎兵讓他獨當一麵了。李陵仍然堅持自己的意見並認為朝廷可以不必增派騎兵。他原來所帶領的五千步兵，都是荊楚勇士，力能扼虎，箭法高超，一定能以少勝多，出奇製勝，直搗匈奴的巢穴。在李陵的一再請求下，漢武帝勉強同意了他的方案，同時派駐守在居延的強弩都尉路博德為其後衛。不料這位老資格的將軍卻不甘心作為李陵的接應，便心生一計向漢武帝上書說，現在正是秋高馬肥的季節，敵人兵強馬壯，恐怕不適宜與其交戰。還是讓李陵留下來，等到明春，我與他各領五千騎兵一起出擊，定能捉住單於。漢武帝看到這份奏書十分生氣，懷疑李陵說下大話卻又害怕，指使路博德編出這些理由。於是詔令李、路立即出兵，不得違誤期限。