朱棣是以誅討主張削藩、變亂祖製的奸臣為借口起兵的。但是，他當皇帝後，在對待藩王的問題上，卻不怕冒違反祖製之大不韙，同樣是采取削藩政策。他本人以藩王起兵奪取帝位，對於軍權過重的藩王和中央皇權的矛盾對抗這一教訓，是認識得很深刻的。他即帝位後，為掩人耳目，恢複了周、齊、代、岷4位親王的封藩，但過不了幾個月，就又找個罪名，削除代王和岷王的護衛軍隊。接著，永樂四年（1406年）廢齊王為庶人。十年（1412年），遼王的護衛軍隊被削除。朱元璋時代護衛軍隊眾多的寧王，也於永樂二年（1404年）被從邊塞改封在南昌。寧王到南昌後，以韜晦為計，建築華麗的宮殿，終日躲在裏麵鼓琴讀書，所以在永樂帝時代得保無事。周王為了減少永樂帝的疑忌，就自動獻出護衛軍隊。在幾年的削廢中，威脅最大的幾位塞王的護衛軍隊幾乎全被解除。朱棣削藩的結果，加強了中央集權的封建統治，使國家統一的基礎更為堅實、牢固。
削藩之後的問題是如何處理北麵的邊防。朱元璋所以給邊塞親王那麽大的軍事權力，目的是要他們鎮守北麵邊防。而現在驟然盡釋諸王軍權，麵對倏忽往來的蒙古騎兵，如何彌補因削藩而削弱的邊防力量呢？永樂帝決定遷都北平，一則北平是他的發祥地，二則地近北麵邊防，天子居此，正所謂居重禦輕，可以直接加強對邊防的防守。
永樂元年（1403年），永樂帝定北平為北京。打定遷都的主意後，就著手修浚大運河。元朝增修通惠（自北京至通州）、濟州（自山東濟寧至東平）、會通（自東平至臨清）三河，連接隋代的運河成京杭大運河，但從沒有全線通航過。洪武二十四年（1391年），黃河在原武（在河南原陽西南）決口，臨清至濟寧的會通河（元修濟州河在會通河之先，會通河修成後，人們連其北段的濟州河也通稱全通河）淤塞報廢。永樂九年（1411年），永樂帝命疏浚會通河，引汶水和泗水入其中，沿線建閘38座。其後，又派官在淮安到揚州的這一段修築堤堰，以防淮水侵漕和運河水分泄。至此，京杭大運河才真正暢通。運河的修通，使得南方的糧米和絲帛等物資能通過漕運源源不斷地輸往北京，保證了首都的物資供應。北方的物產也能通過運河南運，增強了南北經濟的交流。