● 佛教
元代最盛行的宗教是佛教，尤其是藏傳佛教，忽必烈即位前，受戒於吐蕃高僧八思巴，即位後即尊八思巴為國師（授以王印，任中原法主，統天下教門），教高於其他佛教派別的地位由此確定。至元六年（1269年），八思巴製成蒙古新字，忽必烈升其號為帝師。此後遂成定製，元朝皇帝即位，必先受佛戒九次方正大寶。同時，帝師也成為元朝諸帝供奉的最高神職，被尊為皇天之下、萬人之上的神聖職位。元朝帝師共十二人，都是來自西藏的高僧。其中多半出自八思巴一家，有的年僅十二歲便成為帝師。
帝師不僅在元廷享有極高的地位，而且作為全國佛教的最高領袖倍受尊崇。忽必烈曾把西藏十三萬戶封給第一任帝師八思巴作為供養地，使之成為西藏地區最高統治者。帝師往來於京城西藏，百官均隆重迎送。其在世時接受大量的布施、贈賞，死後賜金亦十分優厚。帝師的子弟、門徒也大多受封官號，享有極大的特權。元朝做佛事之頻繁、規模之大、用度之巨都是十分罕見的。
至順二年（1331年），元廷在全國設廣教總管府十六所，統一管理佛事。總管府總管由僧人擔任，其他官員由宣政院任命世俗官員擔任。
這一時期寺院勢力增大，出現了強占民田、私隱納稅戶和巧奪民財等不法行為，為此，設此機構以對寺院進行限製。但由於該機構並未起到這些作用，所以到1334年又廢除了，恢複了舊製。
● 全真教
全真教在金時成立，教主是王重陽，受到金統治者重視。
成吉思汗十四年（1219年），成吉思汗派使節邀請丘處機西行。丘處機率十八名弟子登程，經曆十餘國，行程萬餘裏，於成吉思汗十六年（1221年）到雪山朝見了成吉思汗。成吉思汗問他長生之術，他對以“清心寡欲為要”，並勸告說：“欲一天下者，必在乎不嗜殺人。”希望成吉思汗以敬天愛民為本。這些勸告對減少蒙古軍的殺戮多少起了些作用。成吉思汗稱他為“丘神仙”，下詔由他管領天下道眾，賜以虎符、璽書，免除全真道士的賦役。成吉思汗十八年（1223年），丘處機在成吉思汗派出的千騎護送下從漠北回到燕京。丘處機在燕京住於大天長觀（太極宮，後改名長春宮），四方招攬徒眾，人數大增。全真教達到極盛，成為北方最大的道教教派。