法淨寺為揚州著名叢林之一，古名“大明寺”，又稱棲靈寺，創建於南北朝劉宋孝武帝時。孝武以大明紀年，遂以大明顏其額。隋煬帝時亦稱“西寺”，因其行宮居於寺之東。清康熙“南巡”時，改名“法淨寺”。唐代赴日傳播文化的鑒真和尚，就是在這裏接受日僧的邀請而東渡出海的。
唐代的大明寺早毀，明萬曆年間揚州知府吳秀重修，崇禎十二年（1639年）巡漕禦史楊仁再興建。清順治時趙有成、雍正時汪應庚等又兩次修建。1853年左右毀。迨清同治中，兩淮鹽運使方濬頤重建。1934年又重修。
寺東原有塔。隋仁壽元年（601年）建九層，頗負盛名，李白、高適、劉長卿、劉禹錫、白居易等都來攀登過。唐會昌三年（843年）火焚。宋景德元年（1004年）可政和尚重建，又圮。可證前者應為木塔，後者則為磚塔。
從曲折的瘦西湖，一直延伸到蜀岡南麓的“平山堂”塢，經登山禦道抵寺。山門額為“敕建法淨寺”，計三間單簷硬山造。前有一牌樓，正麵題“棲靈遺跡”，另一麵題“豐樂名區”，姚煌書。石獅一對，刻法工整，為清帝“南巡”時之物。山門東壁上嵌配以王澍書“天下第五泉”五字。大殿麵闊三間帶周廊，重簷歇山造，前後附加硬山披廊。其後原有萬佛樓、方丈等建築，現都不存。殿東，前通“文章奧區”額一門，達平遠樓。《揚州畫舫錄》卷十六雲：“最上者高寺一層，最下者矮寺一層，其第二層與寺平，故又謂之平樓。”今樓雖為清同治間重建，而製度仍依舊。其底層後尚有暗室，從外麵不能察。樓前有院，其東隅尚存清道光禦筆“印心石屋”四字橫形巨碑。樓東即瘦西湖二十四景中的“雙峰雲棧”“蜀岡晚眺”與“萬鬆疊翠”。清方濬頤有聯雲：“三級曩增高，兩點金焦，助起懷前吟興；雙峰今聳秀，萬株鬆栝，湧來檻外濤聲。”今遊客登樓，便能有此感覺。樓後有廳三間，前施抱廈，曾移“晴空閣”一額於此。再後為報本堂（曾額四鬆草堂）。報本堂東為悟軒，原多牡丹，故曾移額“洛春”張之。諸堂前皆點石栽花，而蕉叢尤為勝色。是區北之餘地，疑即棲靈塔故址，鑒真和尚紀念館建造於此。館為梁思成教授設計，仿日本唐招提寺，紀念碑據唐式，額係郭沫若同誌題，記由中國佛教會趙樸初會長撰書。餘皆參與其事。