在《德意誌意識形態》中，馬克思對形而上學的批判得到了進一步的深化。在該書中，馬克思明確地把形而上學歸結為“意識形態”，把“形而上學”與“道德”、“宗教”、“形而上學”和其他意識形態並提，指出以“從事實際活動的人”及他們的“現實生活過程”為出發點，“道德、宗教、形而上學和其他意識形態以及與它們相適應的意識形式便失去獨立性的外觀。它們沒有曆史，沒有發展；那些發展著自己的物質生產和物質交往的人們，在改變自己的這個現實的同時也改變著自己的思維和思維的產物”；馬克思把“自我意識”和“宇宙精神”等稱為“形而上學的怪影”，認為世界曆史的轉變不是“某個形而上學怪影的某種純粹的抽象行動，而是完全物質的、可以通過經驗證明的行動，每一個過著實際生活的、需要吃、喝、穿的個人都可以證明這種行動”[50]。
《哲學的貧困》是馬克思對形而上學的理論本質進行深刻批判的重要文獻。在其中，馬克思以“政治經濟學的形而上學”為題，對蒲魯東政治經濟學的形而上學基礎進行了深入的分析。馬克思認為，形而上學的思想根源就在於通過抽象，把一切都置換成邏輯範疇，“形而上學者認為進行抽象就是進行分析，越遠離物體就是日益接近物體和深入事物。這些形而上學者說，我們世界上的事物隻不過是邏輯範疇這種底布上的花彩；在他們自己看來，這種說法是正確的。哲學家和基督教徒不同之處正是在於：基督徒隻知道邏各斯的化身，不管什麽邏輯不邏輯；而哲學家那裏則有無數這種化身。既然如此，那麽一切存在物，一切生活在地上和水中的東西經過抽象都可以歸結為邏輯範疇，因而整個現實世界都淹沒在抽象世界之中，即淹沒在邏輯範疇的世界之中”；在此基礎上，馬克思揭露了這種形而上學作為一種“哲學方法”的實質：“這種絕對方法到底是什麽呢？是運動的抽象。運動的抽象是什麽呢？是抽象形態的運動。抽象形態的運動是什麽呢？是運動的純粹邏輯公式或者純理性的運動。純理性的運動又是怎麽回事呢？就是它安置自己，把自己跟自己對置，自相結合，就是它把自己規定為正題、反題、合題，或者就是它自我肯定、自我否定和否定自我否定。”[51]馬克思指出，把這種形而上學的方法應用到政治經濟學上，就會“得出政治經濟學的邏輯學和形而上學，換句話說，就會把人所共知的經濟範疇翻譯成人們不大知道的語言，這種語言使人覺得這些範疇似乎是剛從充滿純粹理性的頭腦中產生的，好像這些範疇單憑辯證運動才互相產生、互相聯係、互相交織”。