在科學與哲學之間的關係問題上，邏輯經驗主義者大多是沉默（毋寧說是回避）的，因為他們把自己所信奉的“分析方法”當成缺省設置，當成不言自明的真理：那就是用邏輯分析的方法“拒斥形而上學”。
我們的問題是，這種“拒斥形而上學”的思想態度是否是“分析方法”的獨創？還是科學與哲學在思想史上漫長演化的一種過渡性方案？“拒斥形而上學”有無思想理頭？“拒斥形而上學”是否有無法超越的“元哲學”？
如果我們把科學哲學理解為科學與哲學的互相審視，那麽我們至少可以得出兩點結論：第一，科學哲學不限於維也納學派的邏輯經驗主義及其隨後的各種流派，從古希臘到後現代都不乏科學與哲學關係的思想探索；第二，對科學與哲學關係問題的不同理解恰恰構成了科學哲學發展的內在矛盾，引導並製約科學哲學的思想性質及其各種探索。
但上述理解能否成立必須基於文獻的支持，根據“國際維也納研究會”（The international Institute Vienna Circle）在2000年出版的《科學哲學史：新動向和新視野》（History of Philosophy of Science：New Trends and Perspectives ）以及國際科學哲學史學會雜誌（The Journal of the International Society for the History of Philosophy of Science）中的相關文獻，我們整理出如下幾個思想節點。
古代自然哲學傳統中的科學與哲學：這一時期之所以被稱為西方“科學的哲學”古代傳統的形成時期，其原因就在於，科學與哲學的思想關聯已經形成，並形成了對西方後世的“科學的哲學”產生重大影響的幾個流派：理念論的科學-哲學共同體包括了畢達哥拉斯的數論、柏拉圖學派及其歐幾裏得幾何學、強調數理思想的新柏拉圖主義如普拉提諾和普魯克魯斯等；原子主義的科學-哲學共同體包括留基伯-德謨克利特的奠基性工作，伊壁鳩魯和盧克萊修的修補，阿基米德的應用，曆經中世紀的蟄伏直到近代才變成科學理論；亞裏斯多德主義的科學-哲學共同體包括亞裏斯多德本人對物理學和生物學探討並從中概括出四要素說、四因說和三段論等哲學思想，托勒密的天文學、希波克拉底-蓋倫的生物學-醫學等。參見拜雷（C.BAILEY）的《希臘的原子論與伊壁鳩魯》（The Greek Atomists and Epicurus，Oxford：Clarendon Press，1928）以及迪克斯特惠斯（E.J.Dijksterhuis）的《從畢達哥拉斯到牛頓的世界機械圖景》（The Mechanization of the World Picture：Pythagoras to Newton，Princeton，N.J.：Princeton University Press，1961）等。