這是曆史文獻學成長起來的另一個突出標誌。首先，許多重要的曆史著作這時都有了注或新注，其中有相當數量的史注名作。《左傳》，有西晉杜預的《春秋左氏經傳集解》；《國語》，有三國吳人韋昭的《國語解》；《史記》，有南朝宋人裴駰的“集解”、唐代司馬貞的“索引”和張守節的“正義”，習慣上統稱為“《史記》三家注”；《漢書》，主要有唐代顏師古注；《後漢書》紀傳，有唐代李賢等注；《續漢書》誌，有南朝梁人劉昭注；《三國誌》，有南朝宋人裴鬆之注。此外，南朝宋人劉義慶所撰《世說新語》，有梁人劉孝標注；佚名氏所撰《水經》，有北魏酈道元注等，皆為名家。這些史注都流傳下來，對於後人釋讀、研究和使用豐富的史學遺產，發揮了很大作用。直至今日，它們都還有參考價值。
其次，是出現了多種注史派別和注史方法，為曆史文獻的整理、研究開辟了廣闊的前景。這些派別和方法主要有：
——補充史事。裴鬆之《三國誌注》和劉孝標《世說新語注》，還有唐人李善《文選注》，是這方麵的名注。裴鬆之肯定《三國誌》“銓敘可觀，事多審正”，是“近世之嘉史”，惋惜它“失在於略，時有所脫漏”，於是“采三國異同”為之作注。所注內容是：“其壽所不載，事宜存錄者，則罔不畢取以補其闕。或同說一事，而辭有乖雜，或出事本異，疑不能判，並皆抄內，以備異聞。若乃紕繆顯然，言不附理，則隨違矯正，以懲其妄。其時事當否，及壽之小失，頗以愚意，有所論辯。”[4]這一段話，說明了作注的宗旨和方法，具有理論的價值。從“補其闕”、“備異聞”、“懲其妄”、“有所論辯”來看，裴注的內容是很豐富的，其著眼點在於對文獻的搜求，即所謂“務在周悉，上搜舊聞，旁摭遺逸”。因此，裴注具有補充文獻的價值。《三國誌·魏書·武帝紀》記建安元年曹操“用棗祗、韓浩等議，始興屯田”，意甚簡略。裴注引王沉《魏書》所記，補充了屯田的背景、曹操的屯田令、田官的設置、屯田的效果等史實。又建安九年下記曹操令：“河北罹袁氏之難，其令無出今年租賦。”接著說道：“重豪強兼並之法，百姓喜悅。”裴注引王沉《魏書》所載曹操令的內容，包含租賦製度改革辦法的征收和具體數量，是中國古代租稅史上的重要文獻。裴注還有考史和評史方麵的價值，這除了它所征引的文獻外，也見於裴鬆之在注中所寫的按語。裴注的價值還在於它儲存了大量的已佚文獻。一般地說，裴注征引文獻比較完整，文字也多，如在《三國誌·魏書·文帝紀》所記漢獻帝禪位詔冊之下，注引《獻帝傳》七千餘字，以為“補闕”；同時，裴注所引之書多至二百一十種[5]。由於這兩個原因，使裴注保存了豐富的文獻，總計三十二萬多字，隻比正文少四萬餘字。裴注所引魏晉人著作，今已十不存一，這就更加重了它的文獻價值。過去有人以裴注貶低原書，說《三國誌》應當重作；也有人對裴注價值評價不高，說裴注所載“皆壽書之棄餘”[6]。這兩種看法都失於片麵。《三國誌》和裴注是名作和名注的關係，是不能相互替代的。從史注發展來說，《三國誌注》開創了新的注史方法，在史學史上是值得重視的。