魏晉南北朝隋唐時期，史注有了重大發展，以至於成為史學發展的一個重要方麵；從曆史文獻學的領域來看，更是其走向成熟的標誌之一。
然而，當時人們對於史注的認識也還存在一些歧異，反映了這方麵的思想尚在發展之中。
劉知幾的《史通》專有《補注》篇，詳細地論述了作者對於史注的見解。劉知幾在《補注》篇中指出：注的本意在於訓詁，一曰傳，二曰注：“傳者轉也，轉授於無窮；注者流也，流通而靡絕。”基於此，他推崇韓嬰、戴德、戴聖、服虔、鄭玄等人對經書所作的注，稱讚裴駟、李斐、李奇、應劭、晉灼等人對“三史”即《史記》、《漢書》、《東觀漢記》所作的注，譽為“開導後學，發明先義，古今傳授，是曰儒宗”。如此看來，劉知幾對於史注的必要性及其作用，是肯定的。他對“轉授”和“流通”的意義的重視，以及對具體的注家的標榜，都表明了他的這一基本認識。
當然，劉知幾也十分明確地批評了幾種形式的史注，認為它們是沒有必要存在的。他批評的第一種史注形式，是“文言美辭列於章句，委曲敘事存於細書”，這大都反映在“史傳小書，人物雜記”之中。他批評的第二種史注形式，是“掇眾史之異辭，補前書之所闕”，如裴鬆之注《三國誌》、劉昭注《兩漢書》、劉孝標注《世說》等。他批評的第三種史注形式，是“除煩則意有所吝，畢載則言有所妨，遂乃定彼榛桔，列為子注”，如楊衒之的《洛陽伽藍記》、王劭《齊誌》等。劉知幾還進一步指出：裴鬆之的《三國誌注》，是“喜聚異同，不加刊定，恣其擊難，坐長煩蕪”。劉昭的《兩漢書》注，是“言盡非要，事皆不急”，“多見其無識也”。劉孝標的《世說新語》注，是“留情於委巷小說，銳思於流俗短書，可謂勞而無功，費而無當者矣”。楊衒之等人的自注（亦曰子注）“瑣雜”、“鄙碎”，“言殊揀金，事比雞肋”。劉知幾對於這些史注形式概而評之曰：“大抵撰史加注者，或因人成事，或自我作故，記錄無限，規檢不存，難以成一家之格言、千載之楷則。”[50]其實，劉知幾所批評的對象，並非都是“撰史加注者”，即作自注者，他也批評有些為他人曆史撰述作注者，如裴鬆之、劉昭等。其思想核心，是認為這些史注已經偏離了“訓詁為主”的宗旨。