馬端臨在《文獻通考》中所反映出來的思想，是一種進步的曆史觀。這主要表現在馬端臨對曆史的認識既包含著樸素的唯物因素和辯證因素，也包含著進化的觀點。在這些方麵，他繼承了前輩史學家、思想家的優秀遺產，同時也在不少地方反映了自己新的思想表述形式。人們對於《文獻通考》這部巨著，猶如對《通典》一樣，大多把它作為文獻資料使用，而很少對它的思想資料進行清理、總結，這種狀況有待改變。
馬端臨十分重視曆史上的社會經濟活動，發展《通典》“食貨為之首”的唯物思想。他不僅仍以食貨居於《文獻通考》之首，而且對於“食貨”所包含的一些主要部門之相對獨立和相互關係提出了更明確的認識。如上文表中所示，《通典·食貨典》所述內容在《文獻通考》這裏已分為8個相互聯係的獨立部門，即田賦、錢幣、戶口、職役、征榷、市糴、土貢、國用諸考。這首先是中國封建社會經過兩宋時期，社會經濟的發展在國家經濟製度上有了更明確、更細致的規定的反映，同時也是在考查前代史家在這個問題上分門立目的得失而提出來的。馬端臨以田製與賦稅合為田賦，把土貢從賦稅中析出而自成一考，都有別於《通典》，說明他對於“食貨”這一領域思考之深。他的許多認識，是基於“生民所資，曰衣與食”的唯物觀點提出來的。
馬端臨的唯物觀點，反映在他對待異常的社會現象和自然現象的解釋方麵，也是很突出的。他在列舉前人關於妖祥的說法後，以事實反駁說：“妖祥之說，固未易言也。”譬如：通常認為“治世”則鳳凰見，故有虞之時，有來儀之祥；然漢桓帝元嘉之初、漢靈帝光和之際，鳳凰亦屢見，而桓、靈並非“治世”之時。通常認為“誅殺過當，其應為恒寒”，故秦始皇時有四月雨雪之異；然漢文帝四年也出現六月雨雪，而漢文帝並非“**刑之主”。他如斬蛇、夜哭，在秦則為妖，在漢則為祥；僵樹、蟲文，在漢昭帝則為妖，在漢宣帝則為祥，等等。於是馬端臨認為：