《明儒學案》是一部記述明代學術思想及其流派的學案體學術史著作，成書於康熙十五年（1676），是黃宗羲的力作之一。全書62卷，卷首有《師說》一篇，臚列方孝儒、陳獻章、王守仁等人，以為總綱。以下略按時間先後及學術流派編次崇仁、白沙、河東、三原、姚江、浙中、江右王門、南中王門、楚中王門、北方王門、粵閩王門、止修、泰州、甘泉、諸儒（上、中、下）、東林、蕺山學案，凡17目、19篇。其中，屬明前期的，崇仁學案4卷，列吳與弼等10人；白沙學案2卷，列陳獻章等12人；河東學案2卷，列薛瑄等15人；三原學案1卷，列王恕等6人。屬明中期的，姚江學案1卷，獨列王守仁1人，附錄2人；浙中學案5卷，列徐愛等18人；江右學案9卷，列鄒守益等27人，附錄6人；南中學案3卷，列黃有曾等11人；楚中學案1卷，列蔣信、冀元亨2人；北方學案1卷，列穆孔暉等7人；粵閩學案1卷，列薛侃、周坦2人；以上為王學各派。同時別立止修學案1卷，列李材1人；泰州學案5卷，列王艮等18人；甘泉學案6卷，列湛若水等11人；諸儒學案3篇共16卷，列方孝儒、羅欽順、李中等43人，以敘諸派以外學人。屬明晚期的，東林學案4卷，列顧憲成等17人；蕺山學案1卷，獨舉劉宗周1人。以上，總敘明代學者200餘人。作者於每一學案，首先撰一小序，略述其學術淵源及論學要旨；其次則為每一學人撰一小傳，略述其生平、著作、師承，而於小傳之後摘錄其主要學術見解及與之相關的評論，間或撰有按語。全書脈絡清晰，結構嚴謹，是一部具有獨特形式的學術史專書。
黃宗羲撰《明儒學案》，意在闡明有明一代學術思想史上各派的“宗旨”。關於這一點，他在此書的凡例中反複加以闡說，指出：“大凡學有宗旨，是其人之得力處，亦是學者之入門處。天下之義理無窮，苟非定以一二字，如何約之，使其在我。故講學而無宗旨，即有嘉言，是無頭緒之亂絲也。學者而不能得其人之宗旨，即讀其書，亦猶張騫初至大夏，不能得月氏要領也。”講學貴有宗旨，讀書也貴在能得其宗旨，黃宗羲正是以這樣的認識來看待明代學人的學術思想，也是以這樣的認識來撰述此書的。因此，他對於每一學案、每一學者的學術，都努力揭示其宗旨。為了達到這個目標，他力戒舊弊，在撰述上給自己提出了嚴格的要求。他說：“每見鈔先儒語錄者，薈撮數條，不知去取之意謂何。其人一生之精神未嚐透露，如何見其學術？是編皆從全集纂要鉤玄，未嚐襲前人之舊本也。”這就是說，必須從“其人一生之精神”中，才可“見其學術”，才可“纂要鉤玄”，揭其宗旨。沒有這種嚴謹的精神，則所謂“宗旨”雲雲，就會成為空論。《明儒學案》之成為古代學術史著述的傑作，其真諦即在於此。在編纂思想上，黃宗羲還重視各家的自得之學。他在凡例中指出：“學問之道，以各人自用得著為真。凡倚門傍戶，依樣葫蘆者，非流俗之士，則經生之業也。此編所列，有一偏之見，有相反之論，學者於其不同處，正宜著眼理會，所謂一本而萬殊也。”[14]正因為他有這種開闊的認識，才能超乎於一派一家之上而綜論有明一代的學術。黃宗羲的這一編纂思想，在乾隆四年（1739）鄭性為此書所撰的序文中得到了進一步發揮。概括說來，黃宗羲研究明代學術史的方法論是：“分源別派，使其宗旨曆然，由是而之焉。”[15]