自1999年高等教育擴招以來，河南省高等教育得到了跨越式發展，較好地滿足了廣大人民群眾接受高等教育的需求，為河南省經濟社會發展提供了智力支持和人才保障。該時期高等教育的投資特征主要體現在以下幾個方麵。
（一）重視“三重建設”
為了實現中原崛起的目標，大力推進高等教育持續快速協調健康發展，河南省加大專項資金支出，支持重點學校、重點學科和重點實驗室建設，支持“人才強校工程”的實施。鄭州大學、河南大學分別於2004年、2008年實現了省部共建。先後啟動了三批省重點學科、兩批重點實驗室建設，使省重點學科、重點實驗室逐漸成為河南省高校中具有骨幹示範作用的教學、科研和社會服務的重要基地。
（二）學校融資成為該時期高等教育投資的重要來源
擴招以後經費不足是河南省高等教育麵臨的關鍵問題，為突破製約高校發展的“瓶頸”，河南省利用信貸資金，采取“學校還本，政府部分貼息”的辦法向銀行融資，解決了高校發展的困難，但同時也使高校背上了沉重的債務負擔。為了支持高校利用銀行信貸資金發展，省教育廳設立了高校信貸貼息專項資金，用於所屬高校經批準的教學、科研和基本建設項目的貸款貼息。2006年，在部門預算安排貼息資金4000萬元的基礎上，省財政追加貼息經費1.5億元[4]。
（三）形成了河南省助學貸款的“河南模式”
該時期，學生資助政策進入快速發展階段，各類資助政策頻繁出台，資助覆蓋麵迅速擴大。河南省結合自身實際提出了助學貸款的“河南模式”，在實踐中成效顯著，並得到了社會、家庭（學生）、銀行等多方麵的認可。2007-2008學年度，全省用於高校和中等職業學校的資助資金達到28.1億元，受資助的家庭經濟困難學生達249萬人次，其中高校資助82萬人次，家庭經濟困難學生均得到了有效的資助。[5]