1999年，改革開放後第三次全國教育工作會議提出“積極發展高等教育，擴大招生規模”的政策。同年全省教育工作會議以後，河南省開始實施擴大高等教育招生的政策，按照“量力而行、盡力而為、擴大規模、持續發展、遵循辦學規律、避免大起大落”的原則，保證了擴招工作的順利進行。連續3年的擴招，使全省高校在校生數達到36.91萬，增量、增速是改革開放以來最快的幾年[1]。2002年河南省高等教育進入大眾化發展階段。2004年，省委、省政府專門召開全省高等教育工作會議，下發了《關於加快高等教育改革與發展的意見》，進一步加大高等教育投入，加快河南省高等教育的發展步伐。
1999—2000年，河南省高校進行了重大調整。1999年成立了3所專科院校。2000年，經教育部批準，5所專科院校升格為本科院校，使本省普通院校本、專科比例趨於合理。該時期也是河南省高等教育全麵提升的時期，在“三重建設”、教育教學質量、學位建設與研究生教育、哲學社會科學、國家助學貸款等方麵都取得了巨大成就。
2000年，合並組建新的鄭州大學和河南大學，兩校又分別於2004年、2008年實現了省部共建。“十五”期間，教育部和省政府投入專項資金2.6億元，用於鄭州大學“211工程”二期建設。 2003年，鄭州大學化學係教授吳養潔當選為中國科學院院士，實現了河南省本土培養院士零的突破。2005年，在全國第十批學位點評審中，鄭州大學新增一級學科博士學位授權點8個、二級學科博士學位授權點54個。
2001年以來，河南省繼續實施省重點學科建設項目，相繼啟動第五批（2001-2003年）、第六批（2004-2006年）、第七批（2008-2010年）省重點學科建設。依托重點學科，相繼建成了一批高水平研究基地與平台。2003-2005年，河南省啟動了第二批8個重點學科開放實驗室建設，2007-2009年建設了第三批10個重點學科開放實驗室。通過優化專業設置、加強課程建設、推進教學改革、創新實驗實習、完善教學評估、建設示範性高等職業院校和高校本科教學質量與教學改革工程等措施大大提高了教學質量。