該時期，河南省加強了對高等教育投資政策執行情況的監督檢查力度，在機構、人員、製度等方麵不斷完善。省教委或省教委聯合相關部門先後製定、頒發了《河南省內部審計實施辦法》（1987）、《河南省教育係統內部審計實施細則》（1989）、《河南省教委直屬單位財務管理暫行辦法》、《河南省高等學校財務管理工作整頓意見》、《關於做好國有資產管理工作的通知》（1990）、《河南省高等學校預算外資金管理辦法（試行）》、《河南省高等學校會計工作達標升級考核實施辦法》（1991），整理編輯了《河南省教育財務製度匯編》（1989），為加強財務管理、提高教育經費使用效益奠定了製度基礎。
1986年9月，河南省教委在計財處內設立了審計科。1986年年底，河南師範大學、河南醫科大學、河南財經學院、南陽師範專科學校、洛陽師範專科學校、周口師範專科學校6所高校，建立了內審機構或配備了審計人員，並初步開展了內審工作。[6]1988年，河南省屬20多所高校中，已有一半學校建立內審機構，2/3的學校配了專職、兼職審計人員。1989年，省屬本科院校基本上都建立了內審機構，配備了專職審計人員。如鄭州大學成立了審計監察處，配備了8名專職人員。同年，省教委把河南師大、南陽師專作為省教委教育內審工作試點學校，全麵開展學校內部審計工作。[7]機構的建立和人員的配備為監督、檢查工作打下了組織基礎和人員基礎。
依據相關製度，省教委、相關行政管理部門、各高校內審機構通過開展日常審計、年度審計、專項審計，加強了對高等教育經費和各項預算外資金的使用管理和審計監督，促使高校財務管理工作逐步走向規範化、科學化的軌道。僅1991年，委屬高校對所屬單位共審計80多個，審計金額2600多萬元，查出有問題資金520萬元，有效杜絕了挪用、腐敗、浪費現象，提高了經費使用效益。[8]