1993年以後，隨著《綱要》的貫徹實施和高校辦學自主權的擴大，河南省高等教育的投資政策也發生了一係列改變，呈現出以下特征。
（一）財政投資總量快速增長，但所占比重呈下降趨勢
1993年是我國經濟體製改革的關鍵一年，黨中央召開了一係列經濟工作會議，研究和部署了經濟體製改革和發展的重點。河南省充分抓住有利時機，在經濟體製方麵進行全方位的改革，經過幾年的發展，全省國內生產總值由1993年的1580.29億元上升到1998年的4330億元。1993-1998年也是高等教育投資體製政策變革最為明顯的階段，出台了一係列文件，於1998年建立了“以財政撥款為主、其他多種渠道籌措高等教育經費為輔”的高等教育投資體製，並以法律形式得到確認。政府加大了對高等教育的財政投資，但隨著其他來源渠道的增加，財政投資所占比重呈下降趨勢，由1993年的78.24%下降到1998年的66.27%。
（二）學費收入穩步提高，生均學費增長過快、生均助學金增加緩慢
1993年《綱要》的發布推動了高等教育成本補償製度的確立，正式將“收取非義務教育階段學生學雜費”納入多渠道籌措教育經費的投資體製中。1996年，河南省屬普通高校實施招生“並軌”改革，1997年，河南省高校招生全部實行“並軌”，所有考上大學的學生均需按照生均培養成本的一定比例繳納學費。該時期，河南省高等教育學費總收入穩步提高，由1993年的652萬元提高到了1998年的2.469億元，增長了3倍；生均學費金額由1993年的666元提高到1998年的1723元，增長了1000多元；而國家對每個學生的資助金額1993年為221元，1998年為514元，僅增長了290元。有的地方甚至出現了學生輟學的現象，影響了教育公平。
（三）建立起了多樣化的投資體製