該時期，河南省對高等教育投資政策執行情況的監督檢查不斷完善。在製度上，省教委或省教委聯合相關部門先後製定、出台了《河南省高等學校財務管理若幹規定》（1995）、《河南省教委省級教育事業費管理辦法》、《委直單位財務管理辦法》（1998），使學校的經濟活動有章可循、有法可依，從製度上增強了對高校的宏觀調控能力，規範了學校的經濟行為。
在組織上，1997年3月，河南省教委成立“河南省豫教審計師事務所”，同年5月，省教委監察室掛審計處牌子[4]，從此，省教育行政管理部門設立了專門的審計機構，為審計、監督高等教育投資政策執行、經費使用奠定了組織基礎。1997年、1998年，省教委連續兩年舉辦了“河南省教育係統內審工作會議暨全省教育審計處（科）長培訓班”，旨在進一步加強教育係統的內部審計工作。
省教委、相關行政管理部門、各高校主要開展了年度審計和專項審計，對高等教育投資政策執行和經費使用進行監督檢查。如省教委會同省審計部門對鄭州大學等13所高校在1993年度的收支情況進行審計，審計總金額1.4億元，查出違規金額2000多萬元。1995年，以河師大、鄭大、農大和財院為試點單位，開展了對基建工程的審計監督，取得了顯著成效。[5]1996年，完成了高校及委直單位的預算外資金清理檢查工作。同年6、7月，對全省高校及委直單位的預算外資金進行全麵的清理檢查，自查麵達100%，查出違紀收入156萬元，違紀支出9萬元，小金庫資金3萬元。[6]1997年省教委印發了《關於對委屬高校1997年科技經費使用和管理情況進行審計調查的通知》，對科技經費相對較多的7所高校的科技經費管理使用情況進行抽查，摸清了高校科技經費撥款渠道及科研項目的報批情況。[7]