2006年，我國已經開始了《教育規劃綱要》製定的醞釀工作，正式步入製定程序則是2008年。在《教育規劃綱要》製定伊始，國務院就成立了以溫家寶同誌為組長、劉延東同誌為副組長、國家科教領導小組成員參加的《教育規劃綱要》領導小組。胡錦濤同誌也高度重視，並在《教育規劃綱要》製定的過程中多次做出重要指示。
《教育規劃綱要》具體的製定工作大致經過了四個階段。
第一個階段自2008年8月起，至2009年5月結束。這一階段的主要任務是調研。在這期間，國家科教領導小組召開第一次會議，成立了以劉延東同誌為組長、14個部門參加的工作小組。2008年8月29日溫家寶同誌在領導小組會上做了《百年大計，教育為本》的重要講話。之後，組織成立了有500多位專家學者直接參加、近2000人參與的11個重大戰略專題組，開始進行調研。《教育規劃綱要》工作小組還邀請了各政黨團體和各類院校、科研機構、企事業單位和海外高校負責人等各領域100多位高層專家組成谘詢組，開了多次谘詢會議。除此之外，還委托8個民主黨派中央、4個社會研究機構、6個教育學會以及世界銀行研究院、歐盟總部等國際組織及我國駐外60個教育處進行了國內國際的調研。在調研過程中，獲得了大量的建議和意見。2009年1月上旬至2月底，又歸納了4個方麵的20個熱點、難點問題向全社會公開征求了意見。
第二個階段從2009年5月開始，到2010年2月結束，是文本撰寫和研討階段。文本初稿形成後，先後4次大範圍征求意見，並在此基礎上對文本進行了40輪大的修改。劉延東同誌召開多次專家谘詢會議，聽取各界人士意見。2010年1月，溫家寶同誌親自召開5次座談會，分別聽取各級各類學校校長、教師以及家長和學生的意見，並在這之前到學校第一線視察、聽課，多次發表重要講話。