（一）院校合並的成就
第一，院校合並在一定程度上克服了計劃經濟體製下我國高等教育形成的條塊分割、辦學分散、重複設置、效益不高等弊端。從1992年開始，尤其是1998年加快管理體製改革之後，國務院連續三年對並入原國家經貿委的9個部門所屬高等學校、原核工業總公司等5大軍工總公司所屬高等學校、49個國務院部門（單位）所屬高等學校的管理體製和布局進行了較大規模的集中性調整。1994年，62個國務院部門（單位）管理的普通高校有367所，經過調整合並，到2001年僅剩120所左右，其中，由教育部直接管理的是71所，其他部門管理的約50所，由地方政府管理或以地方為主管理的高等學校達到了1000多所。經過合並調整，我國結束了計劃經濟時代那種中央政府、行業管理部門和地方政府分別辦學、條塊分割的高等學校管理體製，形成了中央與省級人民政府兩級管理、以省級政府為主的管理體製。這為我國高等教育進一步發展奠定了堅實的基礎。
第二，院校合並改變了單科性院校過多，綜合性、多科性和單科性院校比例不合理的狀況，優化了結構，調整了布局。院校合並前，單科性院校是我國高等教育的主體，由於這些學校隸屬於不同的行業及管理部門，分散、封閉發展，從而導致學科林立，難以形成綜合性的學科氛圍。而當代科學技術發展的突出特點就是科學的突破通常在不同學科的交叉點上。可以說，單科性院校的建製既不符合科學發展的趨勢，也不利於人才的培養。通過院校合並，我國組建了一批新的綜合性、多科性大學，特別是將一批重點醫科院校與一些重要大學合並，使一批重要大學成為真正意義上學科較為齊全的綜合性大學。這不僅增強了我國高等教育的實力，而且優化了我國高等院校的結構和布局。[11]