隨著《民辦教育促進法》及其實施條例的頒布和實施，民辦教育相關政策逐漸健全完善，對民辦學校內部治理的要求和指導也日趨深入。這一時期，民辦學校內部治理日趨規範，推動民辦教育進入規範發展期。
《民辦教育促進法》及其實施條例在民辦教育發展的宗旨上與《社會力量辦學條例》一脈相承，但對民辦學校治理結構的規定更為詳細具體，並進一步提高了強製性。如《民辦教育促進法》確定了民辦學校內部的治理結構，一是規定必須設立理事會、董事會或者其他形式的決策機構，並明確決策機構人數，對決策機構職權範圍作出更具體的規定；二是明確學校法人代表由理事長、董事長或者校長擔任；三是更具體地規定了民辦學校校長的管理職責與權限。民辦學校校長職權的確定，從法律上保證了民辦學校校長能夠獨立行使辦學權。至此，民辦學校內部治理的國家製度框架初步清晰。
以《民辦教育促進法》及其實施條例確定的基本製度框架為依據，以全麵規範為特征的各類規章製度相繼出台配套。2006年國務院辦公廳印發《關於加強民辦高校規範管理 引導民辦高等教育健康發展的通知》，進一步明確理事會（董事會）作為學校決策機構依法行使決策權；理事長、理事（董事長、董事）名單必須報審批機關備案；校長依法行使教育教學和行政管理權；校長必須具備國家規定的任職條件並報審批機關核準。同年，中共中央組織部和中共教育部黨組專門下發《關於加強民辦高校黨的建設工作的若幹意見》，強化民辦高校黨組織建設。2007年1月，教育部討論通過《民辦高等學校辦學管理若幹規定》，對民辦高校的政府管理、內部管理進行規範，特別提出“建立民辦學校督導員製度”。