進入21世紀，隨著國內外環境的深刻變革，我國民辦教育的社會影響力和貢獻率越來越大。以民辦高等教育發展為例，從1982年成立改革開放以來第一所民辦大學——中華社會大學起算，我國民辦高等教育機構已經由1982年的30餘所發展到2005年的1329所，24年間增長了43.3倍，年均增加50餘所。[7]但是，在數量逐漸增長的同時，民辦高校倒閉現象也不斷增多。根據中國民辦教育協會的不完全統計，2008年全國民辦非學曆高等教育機構有866所，比2003年減少了238所。由於生源緊張，民辦高校2009年招生人數普遍下降了一半左右。[8]民辦高校倒閉的背後，折射出民辦高等教育領域存在的辦學質量不高、辦學行為不規範、管理製度不完善、師資隊伍不穩定等諸多問題。
針對民辦教育的成就和風險，這一階段出台的主要法規政策有：《國務院辦公廳關於加強民辦高校規範管理 引導民辦高等教育健康發展的通知》（以下簡稱《引導民辦高等教育健康發展的通知》）（2006年）、《民辦高等學校辦學管理若幹規定》、《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》、《關於鼓勵和引導民間資金進入教育領域 促進民辦教育健康發展的實施意見》（以下簡稱《促進民辦教育健康發展的實施意見》）等。同時，來自國家多個部門出台的部門規章，如《教育類民辦非企業單位登記辦法》《民間非營利組織會計製度》《民辦教育收費管理暫行辦法》等成為規範和影響民辦高校發展的重要法律法規政策。此外，地方政府也在規範民辦高校發展、防範民辦教育風險方麵做出了重要探索。
（一）強化教育教學管理
鑒於2006年前後民辦高校在招生、管理、教學等方麵出現的一係列混亂現象乃至部分學校因學籍、學曆、收費等問題相繼發生的學生群體性事件。國家進一步強化了對民辦高校的規範管理。從《引導民辦高等教育健康發展的通知》的“規範管理”和《民辦高等學校辦學管理若幹規定》的“辦學管理”等稱謂中可見一斑。具體體現在：一是強化教育教學管理。《引導民辦高等教育健康發展的通知》要求要“嚴格按照國家規定標準充實和完善辦學條件。健全教學管理機構”“加強教師隊伍建設”。《民辦高等學校辦學管理若幹規定》強調“民辦高校的辦學條件必須符合國家規定的設置標準和普通高等學校基本辦學條件指標的要求”。民辦高校“不得以任何形式將承擔的教育教學任務轉交給其他組織和個人”。同時規定“建立教師、學生校內申訴渠道，依法妥善處理教師、學生提出的申訴”。二是強化黨團組織建設。《民辦高等學校辦學管理若幹規定》在《引導民辦高等教育健康發展的通知》提出建立健全黨團組織的基礎上，進一步明確要“按照不低於1∶200的師生比配備輔導員，每個班級配備1名班主任”。此外，在招生、收費等問題上都作了重點規定。《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》則從進一步完善政府治理責任的角度，對強化民辦高校規範管理作了規定。主要包括加強民辦高等教育的統籌、規劃和管理，積極探索營利性與非營利性民辦學校分類管理，規範民辦高校的法人登記製度，完善督導專員製度，依法明確民辦高等教育機構變更、退出機製，加強教育部門或第三方評估機構對民辦高等教育的辦學評估等。