從民辦教育政策法律建設的發展曆程可以看出，政府對民辦教育已經形成了以雙重管理為基本特征的監管體製。它以培育與規範民辦學校為監管目的，以《民辦教育促進法》與《民辦非企業單位登記管理暫行條例》等法律法規為主要監管依據，以業務主管部門與登記管理機關為主要監管主體，以事前審批許可、年檢等為主要監管手段。但是，民辦教育在發展有限的同時，還頻現行為失範和品質惡化的現象，可見受製於功利主義的管理理念、控製主義的管理目的、行政主義的管理方式和形式主義的管理手段[49]，當前的監管體製和監管手段並未能實現對民辦教育的有效監管，反而成為製約民辦教育進一步發展的桎梏。
（一）雙重管理體製職責界定不清
按照現行法律的規定，民辦學校在取得辦學許可證以後還必須在民政部門進行民辦非企業單位法人登記才算正式成立，因此，民辦學校的業務主管機關是教育部門，法人登記管理機關則是民政部門。然而，登記管理機關和教育主管部門的職責界限模糊，存在較多交叉重複[50]，而且民辦非企業單位的成立、變更、注銷及年檢均需由教育主管單位預先審查，登記管理機關除了複核以外，並無其他專屬性職能。這不僅是製度資源和政府執政資源的極大浪費，而且實踐證明，監管職責的交叉重複，易導致相互推卸責任，出現監管漏洞。尤其是對於教育主管部門來說，本就不把對民辦教育的監管當作其主要職責，而且監管的效果再好也不能以政績的形式直觀地體現出來，相反，一旦監管不到位，出了問題，其社會影響往往十分惡劣。此外，從上述規定來看，登記管理機關因為有教育主管單位把第一道關，很容易疏忽日常監管，最終使雙重管理體製流於形式。[51]因此，如何從製度層麵形成各部門各司其職、協調配合的綜合監管體製，仍然是當前民辦教育發展的突出問題。