民辦教育是教育事業發展的重要增長點和促進教育改革的重要力量，所以，對民辦教育進行監管同樣是政府的責任。各級教育主管部門應設立專門的民辦教育管理機構，從以下幾方麵做好對民辦教育的監管工作：一是充分保障民辦學校的辦學自主權，為民辦教育發展創造一個寬鬆的政策、製度環境，合理確定政府行政行為和市場調節行為之間的界限。教育主管部門要明確職責，對於需要依靠市場機製解決的問題，政府不應過多幹預。二是對民辦學校依法辦學、教育教學質量的提高、教師培訓等方麵進行監督和管理。三是對民辦學校的收費、資金使用、財務管理進行有效監督。四是對民辦學校的宣傳廣告進行審查批準。政府各部門應根據《民辦教育促進法》的精神，製定有利於民辦教育發展的扶植措施，對民辦教育進行資助，創造一個良好的政策環境。各級政府也應當根據本地區的實際需要和可能，製定相應的配套政策，為促進民辦教育的進一步發展提出一些好辦法，創出好經驗。
此外，民辦教育的問題僅僅依靠教育部門是難以解決的，需要與民辦教育有關的職能部門，如財政、稅務、人事、民政、人社、編製等的綜合協調與協作，對製約民辦教育發展、涉及全局性的問題進行研究。民辦學校的稅收優惠問題、民辦教師的身份問題、政府對民辦學校的資助問題、民辦學校的收費問題等，都需要政府各有關部門通力協作。具體而言，還要從以下幾個方麵完善民辦教育的監管體製和監管手段。
（一）以業務主管部門的監管為主
我國對民辦學校的設立采取的是雙重管理體製，即設立民辦學校首先須經享有審批權的業務主管部門審批，在取得審批機關頒發的辦學許可證後，還須依《民辦非企業單位登記管理暫行條例》的規定，到相應的民政部門進行登記，方可開展教育教學活動。這裏需要說明的是，教育主管部門頒發的辦學許可證的內容是不包含登記管理機關的登記事項的。業務主管部門的審批重在對其開展業務活動的能力進行資格認定，而登記管理機關頒發登記證書則是賦予民辦學校合法的地位，兩者之間存在明顯區別。